日军大举渡海以后，朝鲜三道水军统制使元均命令庆尚道右水使裴楔以大船2艘为先锋，进探日军动向。万历二十五年七月八日，朝鲜水军先锋行至熊川附近海域时，遭遇日本水军，上前与之交战。两军接战良久，朝鲜水军放箭射死了很多日军士兵，日军抵挡不住，尽弃船只，上岸逃走。朝鲜水军缴获了船上的200余石军粮，又放火将船烧尽。但不一会儿，藤堂高虎、加藤嘉明、胁坂安治等日本水军大将率领许多船只，向朝鲜水军杀了过来，朝鲜水军将士紧张得不敢射箭，裴楔最终不敌而退。（《乱中杂录》）
作为元均上级的朝鲜都元帅权栗，得知朝鲜水军在熊川附近海域战败的消息后非常愤怒，他认为战败的责任全在元均，理由是元均作为水军统制使，却畏惧日军，不亲自下海督战。于是，权栗发了一道命令，传召元均到昆阳（属庆尚道），他自己也动身前往昆阳，准备问责元均。
七月十一日，权栗到达昆阳，狠狠杖责了元均，怒斥他说：“国家待汝以高秩者，徒为安享富贵之乐耶？孤负天恩，汝罪罔赦！”
元均被权栗杖责以后，受了很大刺激，含愤而退。七月十四日，在权栗的施压下，同时也为了证明自己的能力，元均率朝鲜水军从闲山岛发向日军重兵屯聚的釜山浦。岸上的日军看到朝鲜水军出动以后，相互传报，很快就做好了应对。
当元均率领朝鲜水军行进到釜山浦附近的绝影岛时，天色已经昏暗了，远远望去，有无数日军船只出没。庆尚道右水使裴楔苦劝元均停止前进，但元均不听，仍督诸军上前。从闲山岛到釜山浦，朝鲜水军的船手划了一整天船，既疲劳又饥渴，已经失去了力气，不能很好地把控方向。于是朝鲜水军的船只摇摆不定，一会儿纵向进发，一会儿横向进发，失去了秩序。日本水军想要令朝鲜水军疲劳，就故意与朝鲜水军接战，然后又假装不敌退去。元均不知是计，仍督朝鲜水军上前交战。此时天色昏暗，风又很大，朝鲜水军的船只被吹得四散飘荡。船手也不愿意继续划船了，都劝元均立刻退兵。元均没有办法，只好艰难地收拾剩余的船只，逃到了加德岛。
日军没有放过元均，急发兵船500余艘进行追击，元均只好带领朝鲜水军从加德岛逃到了巨济岛的永登浦。但日军已经预料到朝鲜水军会逃到永登浦，事先就派遣士兵乘50余艘轻船发向永登浦，在陆地上埋伏起来。朝鲜水军到了永登浦以后，看日军已经离得较远，就争相登上陆地取水喝。忽然炮声、喊声大作，埋伏在陆地上的日军从四周杀了过来，左斩右斫，杀死了许多朝鲜人。元均等人仓皇失措，无意施救，急忙收敛剩余的船只逃到了漆川岛。
这时候日本水军的大部队也出动了，小西行长、藤堂高虎、胁坂安治、加藤嘉明、岛津义弘、岛津忠恒等人聚集船只，对元均穷追不舍，直向漆川岛而来。小西行长、宗义智两人虽然此前向朝鲜输送了大量军事情报，但等真正到了战场，他们在其他日本大名的注视下，也只能真刀实枪地和朝鲜军打，甚至表现得更加凶狠。由于太阳早已落下，海面上一片漆黑，日军、朝鲜军只好暂时敛兵不战。
晚上，元均招来水军诸将，悲恸地对他们说：“贼势至此，百难支矣！天不助顺，为之奈何？今日之事，一心殉国而已。”
庆尚道右水使裴楔不想葬身鱼腹，想要突围逃走，他对元均说：“能勇能怯，兵家要略。失势于釜海，致军卒之框扰。见败于永登，助倭贼之乘胜。凶兵已迫，我势孤弱，勇无所施，怯可用矣。”
元均听出裴楔想要逃跑，怒斥他说：“死而后已，汝勿多言！”
裴楔被元均斥责后，反而更加坚定了逃跑的决心，他退到自己的兵船上，与属下诸将商议，密谋退师。
七月十五日夜半时分，日军偷偷派出10余艘船只，穿插在朝鲜船只中间，侦察朝鲜水军的动静。而朝鲜水军正在酣睡，对此毫无察觉。
七月十六日拂晓，日军又派出5艘大船袭击朝鲜水军的侦察船只，将其击破。元均听后大惊，急忙命令诸将戒严。忽然，有阵阵铁炮声从朝鲜水军阵中传出，原来是穿插在朝鲜船只中的10余艘日军船只往来冲突，左右飘摇而去。朝鲜水军将士惊慌失措，元均这才知道日本水军早已埋伏在内，他想要发兵追捕，但是已经来不及了。
天亮以后，日本水军大至，叫喊声响彻天际，打出的铁炮如雨点般落下。元均下令解开船缆，与日本水军在漆川梁进行海战。但朝鲜水军“势如崩山卷海”，不敢与日军接战。裴楔在观望了一会儿后就率先逃走，元均派人抓捕裴楔，但被裴楔逃脱，他带着麾下12艘船只逃到了闲山岛。元均力不能支，朝鲜水军最终崩溃，死伤惨重。全罗道右水使李亿祺、忠清道水使崔湖、助防将裴兴立与安世熙、加里浦佥使李应彪、咸平县监孙景祉、别将柳海等，或被杀害，或溺水身亡。
在溃败之势无法挽回的情况下，元均只好与顺天府使禹致绩、宣传官金轼等人弃船上岸逃走，但日军还是不放过元均，登上陆地进行追击。元均因为年纪大了，加上身体肥胖，实在跑不动，就光着身子，手握着剑，独自坐在松林下。据说，元均饭量很大，一顿饭要吃一斗饭、五条鱼、三四只雏鸡，所以非常胖，影响到了他在生死存亡之际的逃命速度。因为肥胖身体的拖累，元均被六七个日军士兵挥刀杀死，了结了性命。
元均败亡后，日本水军又乘胜而进，从漆川梁一路南下，一直打到了闲山岛，杀死了岛上来不及避难的男女老少，方才退去。朝鲜水军在漆川梁海战遭受的重创是极为致命的，几乎全军覆没。[1]
七月二十四日，当漆川梁海战的败报传到朝鲜朝廷以后，朝鲜国王李昖在别殿召见大臣和备边司堂上，商讨应对日军之策。领议政柳成龙、行判中枢府事尹斗寿、左议政金应南、行知中枢府事郑琢、行刑曹判书金命元、兵曹判书李恒福、兵曹参判柳永庆、行上护军卢稷、左承旨郑光绩、注书朴承业、假注书李惺、检阅任守正、李必荣等人参加了此次会议。
朝鲜国王李昖向大臣们出示了一封书信，这封信是从漆川梁逃回来的宣传官金轼写的，信上说朝鲜水军在漆川梁海战中几乎全军覆没。李昖对大臣们说：“舟师全军覆没，今则无可奈何……未知忠清、全罗等道，有余船乎？岂可诿以无可奈何而置之！今可收拾余船，以为防守之计耳。”
面对李昖提出的收拾忠清、全罗道余船，用以防备日军的要求，大臣们都默然不语，没有一个人说话。李昖非常生气，咆哮着对大臣们说：“大臣何不答乎？将欲置而不为乎？不答则倭可退，而国事可做乎？”
柳成龙回答说：“非敢不对，闷迫之间，未得思其策，不及达矣。”
李昖催促大臣们尽快想出办法，他埋怨道：“全军覆没，天也奈何！元均虽死，岂无他人？但当收拾各道船只，速为防备而已……”
李恒福提出：“为今之计，莫如差出统制使及水使，使之画策防守耳。”他的意思是重新起用先前被革职下狱的李舜臣，任命他为朝鲜三道水军统制使。金命元也持相同意见。
此时，虽有一部分明军在朝鲜驻守，但李昖对明军不抱太大希望，认为兵力太少，根本挡不住日军。他对大臣们说：“我国至今不知贼之兵势，每云‘唐兵、唐兵’。贼若动发，则数千天兵，可以防御乎？闻此言，必以予为怯懦，而被他嘲笑。麻都督（麻贵）兵，尚不满万，而杨元兵三千，其能孤守南原乎？贼若回泊湖南（全罗道）沿海，则如南原者，如置屋轿于大路中也。杨元独可防守乎？”
李恒福附和李昖的看法，说道：“贼倘向光阳、顺天，则杨元无独守之理。”
李昖听了，又表示日军并不惧怕明军：“天兵虽来，贼岂有畏惧之理？众言天兵出来，则倭贼必退，此言差矣。”（以上对话出自《宣祖昭敬大王实录》）
会议结束后，李昖决定遵照李恒福、金命元二人的建议，重新起用李舜臣，任命他为朝鲜三道水军统制使。