在諸多因素中，影響陳水扁最後三年兩岸關係的最大、最直接的因素就是台灣的內部政情。其中又以國共平台的建立，及扁家與扁政府官員嚴重涉貪等兩大因素最為重要。前者讓對陳水扁已經徹底絕望的北京得以在台灣內部找到反獨阻獨的力量，因此不必提早攤牌。後者一方面逼使陳的思維與政策愈趨台獨，但另一方面也嚴重削弱他推動台獨的正當性與動能。
國共平台的起源其實不在國民黨或共產黨，而在陳水扁自己。立委選舉新敗的陳水扁非常希望再度裂解國親兩黨以緩和壓力。在李登輝的建議下，陳在二○○四年的耶誕節先向James（宋楚瑜的英文名）說聲「Merry Christmas」，接著積極推動春節後的「扁宋會」。[3]這是扁宋第二回合的會晤。第一回合在二○○二年的二月初。當時聲勢如日中天的陳總統還主動公開他曾密會宋楚瑜並調侃宋應向「連先生」說明扁宋曾經密會幾次。[4]這個公開解密的動作固然進一步分化了國民黨與親民黨的關係，但也加深外界對陳水扁「不厚道、不可靠」的印象。時至二○○五年的二月，經過陳連宋再次的大選對決，加上三一九槍擊案的創痛，再加上陳的聲勢大減，因此他必須對宋釋出更多的善意才能營造出新的「扁宋會」。
於是，台灣民眾在二月底看到笑咪咪的陳水扁送給宋楚瑜一幅上書「真誠」大字的書法。兩人還發表十點聯合聲明，宣稱「中華民國憲法所揭櫫的國家定位，即為兩岸目前在事實和法理上的現狀」，[5]逐一重申了久違的「四不一沒有」，及推動「全面三通」。這個聲明立時激起李登輝及獨派的強烈反彈。三月初陳在與歐洲議會視訊對話時，更點名說，李登輝當總統當了十二年都不能改國名為台灣共和國，所以陳也做不到，「不能騙自己，也不能騙別人，做不到就是做不到」。[6]
這些新而重大的訊號立即在國民黨內部激起回響。
當時在野四年的國民黨已做了許多反思，幾乎一致認為二○○○年的落敗不是因為政策不得民心，而是因為連宋分裂。「一邊一國」激起的滔天大浪更讓國民黨相信兩岸和解符合台灣民意，也為國際社會所樂見。另外在野期間與共產黨的直接交流讓許多國民黨人士認識到中共內部也在檢討對台政策，同時基調已由「促統」轉向「防獨」，因此在「維持現狀」的共同基礎上，兩黨應有和解合作的空間。但基於在野之身，國民黨領袖為了避免「紅帽子」罩頂，多半不願強勢出頭。如今陳水扁既然坦承台獨不可行，而且試圖與過去的冒進路線切割，此時包括筆者在內的多人乃紛紛在黨內主張，國民黨應更積極規劃一個新的和解政策，包括黨主席訪問大陸。
行事一向謹慎，而且自陳水扁連任後極少露面的連戰主席首肯了這項建議，指示由江丙坤副主席先率團訪陸試試水溫，看看大陸及台灣內部的反應。江丙坤三月底的「破冰之旅」出奇的順利。在北京與中共國台辦主任陳雲林達成十二項共識，包括推動包機常態化、台灣農產品銷往大陸、開放大陸民眾赴台旅遊等。台灣內部的整體反應也非常良好。美國國務院亞太副助卿薛瑞福還表示，有對話比沒對話好。[7]
於是四月底連戰率領一個龐大的國民黨代表團赴大陸進行「和平之旅」，在眾多國內外媒體的鎂光燈下，先後走訪了南京、北京、西安、上海，並與中共總書記胡錦濤發布五點「共同願景」（包括恢復談判、終止敵對、經濟全面交流、協商國際空間、黨對黨平台等）。這是國共兩黨六十年來第一次的領導人峰會。（一九四五年蔣毛在重慶會談，簽署「雙十協定」）連戰在北大的演講生動流暢，內容豐富，全場不看講稿，絕對是他畢生最佳的一次演出。而且他一反往例，事前完全沒有要求幕僚準備英譯稿，因為他在演講前一晚還在做最後修改。
同樣的，胡錦濤也高度重視這次連胡會。胡在連胡會的前一天晚餐時間才由國外訪問十幾天飛抵北京。此時陳雲林正在宴請國民黨全團。席間陳突然起身率領幾位副主任全數離席，據了解正是趕去向剛下飛機的胡錦濤做第一手的簡報，以準備迎接第二天上午的歷史性會面。「連胡會」在台灣激起府院黨的強烈批評，但連戰的民調在一個月內躍升一倍，也幾乎是陳水扁的一倍。[8]美歐日亞的媒體均給予正面評價。美國務院發言人艾瑞里也公開表示肯定。甚至小布希總統都透過管道向連主席表示，他的訪問對促進亞太和平穩定產生正面積極作用。[9]
國共平台其實是個統稱。[10]依功能分，最重要的是「兩黨高層對話」。連戰自二○○五年起，連續四年以主席或榮譽主席（二○○六起）的身分與胡錦濤會晤。馬執政後，由吳伯雄先以主席身分（二○○八），後以榮譽主席身分（二○○九起），每年與胡錦濤或後來的習近平對談。其次，俗稱「國共論壇」的「兩岸經貿文化論壇」，由兩黨智庫（國民黨的國家政策研究基金會與國台辦的海峽兩岸關係研究中心）合作每年舉辦一次，邀請各黨派（亦即不只國共兩黨）的產官學人士共同研討，並提出政策建議。另外還有以兩黨基層為主體的基層黨際交流，及以台商為主體、且互為對口的國民黨台商服務中心及國台辦二○○五年新設的協調局。
國共平台的幾個機制讓國共兩黨開始正式溝通交流。在陳水扁執政的最後階段，它的存在穩定了北京焦躁的心情，也使得兩岸關係雖受衝擊，仍能外張內弛。到馬執政階段，在兩岸事務龐大紛雜而馬政府官員不能赴陸直接溝通的情況下，國共幾個平台雖然不時受到在野民進黨的質疑，但它在協助政府減少誤判，增進雙方互信方面，絕對起到了不可磨滅的正面作用。尤其「兩黨高層對話」可說與「博鰲論壇」及「亞太經合高峰會」並為兩岸高層溝通意見的三大管道，深具象徵及實質的意義。