至於扁家貪腐的因素，在陳的第一個任期就露出端倪，像吳淑珍被指以內線交易方式出入股市，或她關切ＳＯＧＯ百貨的經營權，或阿扁之子陳致中在服役期間駕駛名車上下班等等。但當時陳的「台灣之子」形象仍然深入人心，這些指控頂多在輿論界留下一點負面觀感。即使在大選前夕爆發並讓陳呂配民調直直落的「陳由豪政治獻金案」，後來也被更勁爆的槍擊案掩蓋下去。
二○○五年三月，開發金股權爭奪戰再次提醒台灣民眾，吳淑珍確實與大財團具有千絲萬縷的關係。六月陳致中的豪華婚禮更讓人看到號稱「三級貧戶之子」的扁家已經變得多麼親近財團而遠離尋常百姓。陳的親友團搭乘「空軍一號」專機南下台中，更普遍被認定為「公器私用」。新人及家長在婚宴上還收到許多讓人嘆為觀止的昂貴禮物，其中的百萬鑽戒後來還衍生出難看的糾紛。接著第一家庭的「駙馬爺」趙建銘及親家趙玉柱雙雙捲入台開內線交易案。幾個月間，全國民眾幾乎每天看他們一家人輪流在媒體上出醜。國家大事全部退居新聞二線。
在另一條主軸上，扁政府的官員也相繼出事。陳水扁在市政府時代就高度重用的陳哲男（民政局長、祕書長）一直擔任他在總統府的副祕書長，扮演陳與複雜政商關係中的「白手套」。先前陳由豪獻金案及ＳＯＧＯ百貨股權案都已經有他的影子。其他與他有關的還爆出高捷案、府內炒股案、四汴頭案、中華電信釋股案、新瑞都案、梁柏勳指控司法黃牛案等等。每爆一案就重創陳水扁本人及整個扁政府的聲望一次。在陳的總統任期結束前，還陸陸續續發生其他三位部長、五位次長的貪腐案件。甚至陳水扁本人也被控涉入國務機要費案、海外洗錢案、龍潭買地案、南港展覽館案等四大案，在卸任後持續纏訟多年，甚至入獄。
這些弊案對陳本人、對台灣、對兩岸關係都影響重大。陳本人受到的衝擊當然最直接。他的聲望不斷下滑，連任才一年好像就已經變成了「跛鴨」。為了挽救頹勢，或許也為了在民怨中尋找最後的安慰及靠山，他不但在兩岸及外交上持續冒進，如後來的「終統」及「入聯公投」，甚至利用這項總統專屬職權做出相當荒謬的事。譬如，在二○○六年五月美國為了表示對陳「終統」的不滿，拒絕他在美國本土過境的請求。盛怒的陳乾脆「走自己的路」，一反過去東飛的慣例，向西直飛中東，最後在阿聯的首都阿布達比過境加油，讓不知究竟的我駐美代表李大維與美國在台協會理事主席薄瑞光兩人癡癡地在關島乾等[11]，也讓全世界足有半天時間亂猜他的落腳點，是為著名的「迷航」事件。另外為了替吳淑珍掩飾部分的發票，陳與幕僚還鋌而走險捏造出一個機密外交的所謂「南線專案」，後來拆穿完全是子虛烏有。[12]這些作為讓陳水扁的信用在台灣的中間選民及華府與北京心中幾乎全面破產。
這些弊案對台灣的影響也非常深遠。它強烈撼動了台灣民眾（包括綠營群眾）對陳水扁的信心。二○○六年七月多名親綠學者聯合發表聲明，要求陳水扁下台。民進黨前主席施明德領導的「紅衫軍」在同年九月片刻間崛起、立時號召數十萬支持者走上街頭。民進黨新潮流系的立委林濁水及李文忠也主動辭去立委職務以示劃清界線。當時如果不是施先生的自我克制，這股反貪反扁的人潮沖進總統府，進而改寫台灣的民主史，也大有可能。
台北市長馬英九是這股潮流最直接的受益人。被部分媒體暱稱為「小馬哥」的馬英九其實與陳水扁同年，並不年輕，但台灣民眾把對誠信及反貪價值的期待，很快轉移到他的身上，讓形象清新、乾淨、誠實、厚道的他在二○○五年八月從連戰手上接下黨主席的大位後，立即成為媒體寵兒及群眾的目光焦點，光芒一直延續到他的第一任總統任期。在馬任內，民眾持續以高標準要求馬政府，馬本人也自持甚嚴，雖然他的黨政幹部仍偶爾傳出涉貪情事。但阿扁弊案的影響其實超越「政府」而及於「社會」。
經過他的震撼教育，台灣整個社會都改以「防弊」，而不是「興利」為思考主軸，有時甚至無限上綱到吹毛求疵的地步。這個情緒一方面導致輿論監督力道倍增，另一方面也造成政務官與公務員因為害怕犯錯，而不敢積極任事。前者助長了眾所周知的「民粹」風氣，後者則間接促成了「政府無能」的觀感。兩者都對馬英九的施政形成莫大的牽制。從這個角度看，陳水扁雖在牢裡，對台灣的影響卻持續存在。