所有罪案中最著名的是牛顿与一个名叫查洛纳的坏蛋的斗智,他们之间的缠斗长达3年。查洛纳是一个外貌和善的恶棍,他是用罗曼蒂克的模子塑造出来的劫匪,用小说人物——维多利亚时代的神偷拉弗尔斯
来比拟或许更为贴切。他喜欢被追逐的刺激感,会尽可能地捋权威的虎须,胆量大到极点。
然而,在牛顿来到造币厂尚未满一年时,他就已经运用他超人的智慧,专门选择案底最多的罪犯下手。查洛纳在遇到这么一个讲求方法的对手时,他的余日就屈指可数了。牛顿于1697年9月以大规模伪造钱币的罪名,将查洛纳送进纽盖特监狱。但是令这位厂长又惊又怒的是,查洛纳通过他在司法体系内外的关系网,居然有办法获判无罪释放。18个月之后,因为一个被囚于纽盖特监狱的犯人检举,查洛纳这位伪币大师在几个星期之内又被牛顿送回了铁牢。
在随后的两个月里,查洛纳在黑暗湿冷的纽盖特牢房里写了许多信给外面的朋友,不断地向他们吹嘘他不久之后就可以重获自由。可是查洛纳这次并没能活着离开。1699年3月,他被执行死刑,在执行的前夕,他的意志崩溃了。他的最后一封信不再像以往那样自信,那是一封写给复仇者牛顿的信,求牛顿发发慈悲。牛顿在他位于伦敦塔里的办公室中阅读了这封信。
霍洛韦太太做了不利于我的假证,否则我不会去见伟大的上帝,同样地,若是阿博特不做假证陷害我的话,我也不至于蒙冤而死。全能的上帝知道我是冤枉的,所以我求求长官您也考虑我被冤枉的理由,以前从来没有人这样被判有罪。求您替我向大臣说情,不要把我处死。喔!敬爱的长官啊! 
没有人会听查洛纳的请求,因为牛顿总共搜集了34份口供详述这个人的恶行。他伪造钱币的操作过程,都由厂长那群无所不在的密探做成详尽记录,而这群人被牛顿的秘书海恩斯称为一群“无耻的逐利者”
。那些证词足以用最重的叛国罪来判刑,而不是尽属伪造钱币的轻罪名而已。3月22日,这个不幸的死囚被套上了枷锁,带到泰恩勃绞刑场
。他先被绞至几乎完全失去知觉,然后在仍有呼吸的情况下,被大刀劈成4块,开膛破肚而死,旁边围观着嘲笑和嗜血的群众。
牛顿的作为无怪乎他会被等候执行的死囚诅咒,被受追捕的非法买卖者恐吓和谩骂,也无怪乎他会收到知情者的警告和死亡威胁。1698年9月16日,有一封信寄到了造币厂,那是一位外科医师寄来的警告,他告诉牛顿在狱中医治囚犯时所听到的话。
他(指一个囚犯)说,约于一个月前,自己由于债务被关进纽盖特监狱,他在那儿听到一个姓鲍尔的人指责造币厂厂长对于钱币犯十分无情,还说:“以我的血发咒,如果不是他,我现在还在外面。”另外一个叫作惠特菲尔德的囚犯接着咒骂造币厂厂长是个浑蛋,如果詹姆士国王回来,他就要射死他。鲍尔接着说:“我以血发誓,我也要杀死他。虽然我不认得他,但我会找到他。”然后惠特菲尔德又说:“那厂长也找我老婆的麻烦,他只不过在她的表里找到几枚剪过的硬币,我们花了500个几尼
,她才没被关起来。”