類似的警訊一定讓長期關心兩岸事務的新加坡極端憂慮。五月五日，新加坡總理吳作棟訪問白宮。這是他一年內第三度與小布希見面。據新加坡官員說，兩位領導人「一致認為，兩岸關係若處理不當，將對區域與國際安全造成嚴重後果」。[70]六月二十日，正在北京訪問的新加坡內閣資政李光耀接受《聯合早報》專訪表示，他會見的每位中共領導人，包括胡錦濤、溫家寶等，都對他強調北京不會眼睜睜地看著台灣走向獨立而不做反應。他也不認為東南亞或東亞任何國家會鼓勵台獨運動。[71]
七月十日，即將就任總理的新加坡副總理李顯龍訪問台灣四天。期間除了兩次會見陳水扁外，也見了其他重要政府官員、國民黨的主席連戰、台北市長馬英九及企業界人士。對這次「非正式訪問」，北京雖事先接獲新加坡通知，仍表達強烈不滿與抗議，甚至取消中國人民銀行行長周小川的訪星計劃及預訂在上海浦東舉行的新加坡嘉年華。[72]更痛的是，北京還片面終止正在進行的「自由貿易協定」談判。這個協定原來預計會給停滯中的新加坡經濟打上一劑強心針。
針對這個壓力，李顯龍立場堅定，表示他訪問目的在「對當前情況做最即時的第一手瞭解，以便對可能發展做出評估」，訪問後他坦率指出，台灣朝野目光短線，缺乏國際視野。他說，綠營似乎只專注立法院選舉，認為已有更多台灣人支持獨立，而藍營則專注質疑總統大選的合法性。他還注意到，大多數台灣人相信中國大陸不會攻台，而且相信美國一定會挺身救援。李顯龍對這些現象頗感不安。[73]
八月二十二日，李顯龍以「總理」的身分發表國慶演說。他說，新加坡不會承認台灣獨立，而台灣海峽的確存在誤判和擦槍走火的可能；如果衝突是由台灣所引起，新加坡不會支持台灣。他還強調，如果台灣走向獨立，中國必然動武，而不論結果如何，台灣終將走向毀滅。他說「在他會見的台灣領導人當中，只有很少數人認識到這點。」[74]
九月二十四日，新加坡外交部長楊榮文在聯合國大會發表演說時，警告台獨「將導致（台灣）與中共發生戰爭，並拖累其他國家。」他也呼籲國際社會防止兩岸關係惡化到失控的地步。[75]九月二十六日，台灣的外交部長陳唐山公開指責新加坡不應在聯合國批評台灣。「新加坡不過是個鼻屎大的國家」，他說，「（這樣做）根本是在捧中國的ＬＰ（即閩南語的「生殖器」）」。[76]
這一系列新加坡的發言顯示，做為一九九三年辜汪會談的地主國，新加坡大概是除了美國以外最關心兩岸關係的國家。經過李光耀、李顯龍父子在北京與台北兩地的實際探訪，新加坡看到一個極端憤怒的大陸與一個只專注內部鬥爭、而根本無視於外在危險的台灣。但新加坡的善意提醒，可說兩面不討好，只換來北京的報復與台北的羞辱。
新加坡的角色從一九九三年被兩岸同時感謝的「促進者」轉變成二○○四年不受歡迎的「干預者」，所反映的當然是兩岸關係近乎一百八十度的轉變。一方面北京與台北經過十幾年直接打交道的經驗，都覺得不再需要一個中間人。另一方面，兩岸關係由當年的和解惡化成瀕臨戰爭邊緣；即使需要中間人，也不可能是像新加坡這樣的中間人。這就是為什麼美國的角色在兩岸關係中日益加重，而台灣與大陸都默默地「歡迎」美國的干預。