九月下旬的兩岸關係還跨過另一個里程碑。九月十九日中共的第十六屆四中全會結束，六十一歲的胡錦濤自七十八歲的江澤民手上接下中央軍事委員會主席一職，自此全面掌握國家主席、黨權與軍權。[21]這也標誌著中華人民共和國建國五十五年來第一次最高權力的順利轉移。曾經以政治局常委、軍委會副主席及國家副主席身分，參與中共對台政策最高決策長達十二年之久的胡錦濤終於完全坐上了駕駛座。
中央軍委會的成員也做了調整。總數由原來的八人增為十一人。[22]這十一人包括升任主席的胡錦濤，原任副主席的郭伯雄，曹剛川及新任副主席的總政治部主任徐才厚。另外七人分別為留任軍委委員的總參謀長梁光烈，總政治部長李繼耐和總後勤部長廖錫龍等三人，以及新增的總裝備部長陳炳德、空軍司令員喬清晨，海軍司令員張定發和二炮司令員靖志遠等四人。[23]
在這次改組中，海、空、二炮司令員首度進入軍委會，使中共軍委會變成類似美國「參謀首長聯席會議」之機構，任何聯合作戰的決策與分工均可在此拍板定案。此外，四位總部領導中有兩人（梁先烈、陳炳德）有南京軍區司令員的經歷。五名副總參謀長中也有兩人（吳勝利、許其亮）長期在南京軍區任職，數度參與對台軍事演習。因此新的布局對台灣的針對性非常明顯。
九月下旬中共戰機更有多批多架次密集逼近台海中線。當時，台北官方未做任何表示。媒體完全被蒙在鼓裡。直到十月二十二日色彩偏綠的《自由時報》引用美方消息來源才獨家披露事件。根據這些頭版報導，在一九九七年前，中共戰機極少在台灣海峽飛行。但在一九九八年，四百六十四架次的戰機飛到台海中線以西。一九九九年到二○○三年，每年分別增加到一千兩百、一千四百、一千三百、一千兩百架次。《自由時報》透露，九月二十七日當天，超過三十架的中共蘇愷二七、蘇愷三○、殲八、殲十等戰機和「轟六」轟炸機驟然向台海中線逼近。這是一九九九年七月「兩國論」危機後第一次有大量中共戰機同時越海而來，數量之多遠遠超過九九年危機時的單日最多架次，其中還包括一些轟炸機。[24]
媒體曝光後的第二天，國防部長李傑及飛彈司令部司令谷風泰都證實，九月下旬確有多批中共戰機密切挑釁，而二十七日當天戰機「確實比平時多一點」，但並未越過海峽中線；國防部除派遣戰機起飛應變外，也要求愛國者飛彈進入戰備。[25]空軍總部另外表示，中共以多批次三十餘架出海訓練，在近幾年相當常見，「不過當天起飛的戰機數量是多些」。[26]
十月二十九日，《中國時報》更進一步報導說，正當中共戰機大量在九月二十七日於台海巡弋的時候，陳水扁正乘坐「空軍一號」自台北飛赴澎湖視察。[27]根據該報導，十月二日，副總統呂秀蓮搭乘專機赴澎湖時，中共戰機四架再次逼近台海中線。呂的專機因此延誤。[28]十一月十一日，《聯合報》引用了一個中共軍方說法報導說，只要陳呂的飛機一起飛，就立刻會被中共戰機鎖定。但該中共軍方來源也說，在那兩天中共並沒有飛越海峽中線，也沒有要攻擊的意圖，他們只是要展現中共有保衛國家主權完整的能力。[29]針對該報導，國防部在當天下午一點鐘對外公布了一份新聞稿，表示陳水扁專機出動「當時」及呂秀蓮出訪「當日」都沒有中共戰機活動。「有關陳呂飛機曾被中共戰機鎖定的說法是完全不正確的」，[30]台北退役軍方高層曾向我私下表示，雖然二○○四年九月下旬的中共戰機活動，與陳呂離島行，並不是同時發生，但陳水扁的「空軍一號」確曾因猜疑中共機群懷有敵意而轉向飛行。
那年九月台海上空的真相如何，還有待更多資料證實。如果陳呂專機出海的「當日」「當時」確實如大陸網站最近所報導，曾經遭到大批中共軍機壓迫並鎖定，當然就構成可斬首而未斬首的「準斬首事件」，也相當符合前述游錫堃在八月中旬的預告。[31]但即使如國防部新聞稿所否認，不曾「當時」或「當日」發生，而是大量中共戰機出海活動，而我「空軍一號」因疑慮而轉向，則仍有極其強烈的政治意涵。目前可以確定的是，在二○○四年夏，特別是在九月下旬，如果北京決定真要「斬首」或僅作勢「斬首」的話，「空軍一號」的處境是十分危險的。所以這次事件最起碼可以命名為「準準斬首事件」。
長期研究台海軍事問題的美國學者葛來儀（Bonnie Glaser）恰在二○○四年十月間媒體尚未披露軍機事件前來台灣訪問。她面訪的台北國防部官員向她表示，九月二十七日的情勢確實「極度緊張」。[32]另外，美國國防部每年年初出版《中共軍力年度報告》一書，其中都有專章討論前一整年的「關鍵發展」。二○○四年以前的報告在「關鍵發展」部分都沒有提到任何武裝衝突。在二○○六以及二○○七年版當中，也分別明白指出「二○○五（六）年台海附近沒有任何武力事件」。[33]對比之下，二○○五年版的報告卻引用中共在二○○四年十二月所公布的國防白皮書說，「中共把二○○四年的台海情勢形容為嚴峻」。[34]這似乎暗示了二○○四年的台海確曾發生某些不尋常的軍事事件。
九月底的「準準斬首事件」提醒了台北及華府：第一，以台海範圍的狹小及先進戰機的高速，兩岸發生軍事摩擦的機率甚高。一旦發生，摩擦升級為衝突的可能性也非常之大。第二、在所有「劇本」中，對陳水扁及呂秀蓮兩人進行突發式的斬首攻擊，絕對是可行的一種。因為這種斬首攻擊只會打到陳呂等領導人而不會傷害到台灣民眾的生命財產及政經設施。所以它的後遺症最小。正因如此，假戲真做的可能性也很高。第三、這次事件很明顯有胡錦濤個人的烙印，代表胡錦濤全面掌權以後的對台政策中硬的一手絕對比江時期的硬的一手更硬。如果說江澤民掌政十三年的對台政策，「軟的感動不了台灣，硬的也嚇不了台灣」，那麼胡錦濤出手的第一招就直指陳水扁生命，逼得他立即近乎羞辱性的告饒。