這段時間我剛好擔任國民黨籍的不分區立法委員，分別在外交委員會及國防委員會議事，還偶有機會擔任委員會的召集委員。除了兩岸交流外，也與其他國家頻繁互動。在與美國官方及智庫人士的互動中，軍購問題的分量大概僅次於兩岸關係。多人多次強調國民黨既然本來不反對軍購，現在選戰結束就應基於國家安全的考量繼續支持所有軍購項目的預算過關。我國防部在立院的遊說工作更是密集而有計畫。
但我始終認為公投（「您是否贊成政府增加購置反飛彈裝置，以強化台灣自我防衛能力？」）既遭否決，否決的項目就當然不能執行，否則公投毫無意義，也等於變相鼓勵政客在將來繼續利用公投牟取私利。至於多長的時間不得執行，我建議依公投法第三十三條的規定（「公民投票案之提案經通過或否決者，自各該選舉委員會公告該投票結果之日起三年內，不得就同一事項重行提出」），「三年內不得提出」的精神可解釋為三年內不得執行，但三年後可以執行。但美方及我國防部認為公投否決後仍可執行，而且是立即執行，結果當然每次會面都不歡而散，很可能我也因此得罪國內外不少人，尤其當年因為陳水扁「軍購綁美國」而可能獲利的人。但基於個人對民主政治的理念及對公投的尊重，我始終堅持軍購公投否決三年內必須免議相關採購的立場。幸好其他國民黨立委也持相同看法，公投的尊嚴才得以維持。
這三年也給我一個深入研究軍購及國防問題的難得機會。手上擁有一般人不可能拿到的資料。心中的問題可以從我國防部及美方得到一定程度的答案。每年有段時間把自己關在立法院的密室內詳細閱讀機密的國防預算。有個暑期還與幾位跨黨派國防立委組團訪問美國，與許多單位、公司及個人進行深入的意見交換。我自己還利用其他訪美機會順便拜訪對台友好的相關官員與退休將領，甚至駕車去他們的府上請教。這些訪談累積了不少難得的內幕看法。一般而言，美軍重視台灣安全，但也很不願意被台灣拖著走。
至於軍購，他們認為反飛彈系統有價值，反潛機有必要，但對潛艦則諸多保留。原因不在我國軍人的素質；相反的，他們對我潛艦官兵評價甚高。「我都願意與他們一起服勤」，一位退休海軍將領私下如此讚嘆。他們普遍擔心的是，潛艦是非常隱匿又非常高科技的攻擊武器，如果落在衝動的政治人物手裡，難保不會挑起台海戰事，把美國拖下水；如果兩岸統一，高科技又會落入中共手中。但這些顧慮礙於政治考量，五角大廈不敢公開釋出。此外，美國自己早已不生產柴油潛艦，如果為了台灣重啟生產線，就會破壞美國以核子潛艦為主的布局。如洽詢別國生產柴油潛艦，交涉的不確定性很高，時間也會拖得很長。據美方人士透露，美國海軍訪問團早於二○○三年就告訴台灣官員，二○一九年前不太可能獲得八艘柴油潛艦；而且屆時即使擁有仍將不敵中共的潛艦戰力。[38]
這些研究讓我了解，即使台灣願意付出遠高於其他軍購項目的金額來採購潛艦，美方也不可能同意。但如果台灣自己宣布放棄，必將打擊士氣，而且也等於放棄將來所有的可能性，未免可惜。
後來馬英九下令成立軍購專案小組。包括我在內的小組成員最後就建議採取紅黃綠燈的方式處理。在公投三年期滿前，愛國者三型反飛彈系統的新採購案基於公投已經否決，必是紅燈，三年以後再議。但愛國者二型的性能提升案不牽涉公投，可以給綠燈。反潛機屬於守勢國防，有必要，綠燈。至於潛艦則繼續研究可行性，以靜候適當主客觀條件，所以黃燈。後來愛國者三型反飛彈系統在三年期滿以後也轉成綠燈。
這三年立委經驗，除了眾所周知的打群架與沒效率以外，我最深刻的印象之一就是所謂的「朝野協商」（正式法律用語為「黨團協商」）。它是一個全世界獨一無二的制度。別國的國會即使進行朝野協商，也只會針對程序問題（如開議、休會、延會等），不會針對實質法案。但在台灣的立法院，它自一九九九年入法起，就讓參與「朝野協商」的立法院院長及政黨代表掌握住大部分法案的生殺大權，其中任何一人都有法案的實質否決權。許多法案，尤其是個別立委的提案，常常沒有經過全體立委的投票，甚至在他們不盡知情的情況下，就在所謂「朝野協商」的密室中通過。
最最特別的是，每個政黨，不論立委人數多寡，一律平等參與，都只有兩名代表。即以馬時期為例，國民黨立委人數占到全體立院的七二％，在密室中與總數只有三位委員的少數黨（如台聯、親民黨或「無黨」）同等分量。這個扭曲多數決原則的「台灣特色」不但讓我們引以為傲的民主選舉失掉意義，還徹底閹割了多數黨的權力，而且提供多少不為人知的暗盤交易空間。有的法案因此沉睡好多年，有的卻幾十天就揚長過關。人數只有三位的黨團本只可能參與八常設委員會之中的三個，但他們照樣可以決定其他五個委員會法案的生死。
此外，因為黨團成立門檻低到只有三位立委，所以透過「母雞帶小雞」的期待，政黨協商制還可能牽動總統選舉，如宋楚瑜為了帶動親民黨立委選舉的氣勢而投入二○一二年總統大選。耐人尋味的是，占相對少數的民進黨在二○一一年底還通過「國會改造」決議，要求廢除朝野協商；反而被閹割若干年的國民黨不動如山，似乎甘之如飴，寧可繼續背負多數黨立法不力的罪名。
「朝野協商」制的重大後遺症之一就是專業的常設委員會被架空，因為朝野協商可以將委員會審查中或根本未交付委員會審查的法案逕付二、三讀。立委在委員會臉紅耳赤地辯論，但真正的拍板常常是在煙霧瀰漫的朝野協商密室中做成。這讓許多有意積極立法的委員十分挫折。在正常民主國家，個別的法案主要都在常設委員會討論，其本身就是朝野協商，也是廣泛蒐集民意的平台。而這些委員會及委員本人也都依法擁有相當大的人事及經費資源，協助蒐集民意及立法。但在民主化後的台灣，不僅立委及委員會的立法資源貧乏，而且如某立委先進私下說的，「只有進入那個朝野協商房間的，才算『立法』委員，否則只是委員」。這些沒有資源，不能實質立法，甚至不能投票的委員，當然只有把精力用來政治鬥爭或揭弊，藉製造聳動的新聞議題，來延續政治生命。這是惡性循環，因為它惡化立法院的社會形象，讓民眾更不願意增加立院資源。
就在馬蕭風塵僕僕的同時，幾個政策白皮書的醞釀也逐漸成熟，並於九月及十一月分別對外發表國防及外交白皮書。外交白皮書批評「烽火外交」陷台灣於前所未見的國際困境，主張外交是可能的藝術，執政者要以誠信贏得國際社會的信任與尊重，而台灣應成為「負責任的利害關係者」與「和平締造者」，而不會是「麻煩製造者」。因此，除了強化美日歐及亞太的雙邊關係外，在多邊關係上特別點出將來要主攻功能性的國際組織，而不是硬衝聯合國大會的會員資格。馬親自為這份文件訂出「活路外交」的口號。這個口號固然響亮，卻極難英譯。遲至今日，外交界的英文高手仍未找到意見一致的翻譯文字。
國防白皮書的重點則是明確以守勢國防為指導原則，建立一支「嚇不了（戰志高昂）」、「咬不住（封鎖不住）」、「吞不下（占領不了）」、「打不碎（能持久抗敵）」的整體防衛戰力，簡稱為「固若磐石」的國防，英譯名是雙關語，Hard ROC。此外，白皮書明確表明要在「四年到六年完成全募兵制」，並重整退輔機制，讓軍人從入營到退伍，都有完善的生涯規劃。
兩岸白皮書的整體分量與具體建議項目的數量遠遠超過外交及國防白皮書。除了常見的「一中各表」、「九二共識」、及新提的「不統、不獨、不武」等原則性主張外，白皮書共提出政治類六項、經濟類十項、及社會類四項等共二十項具體做法的建議。其中如擱置爭議、恢復對話、互設辦事處、海空直航（包括「黃金航圈」）、開放來台觀光、開放來台投資、建立經貿合作架構、簽訂投資保障及租稅協議、開放金融業登陸、農漁業合作（但不開放大陸農產品進口）、加強文教交流、共同打擊犯罪等等，絕大多數都在馬執政後陸續執行。因為這些具體項目每一個都很有話題性，所以後來馬拍板決定大陸政策白皮書不做一次性的發表，而是用點放的方式適時適地適對象對外釋出，以求最大的媒體效果。從事後結果看，這個文宣策略是成功的。