二○○八年的總統大選在投票日前其實已明顯呈現有利於馬英九的態勢。一方面馬個人光芒四射，甚至在國民黨歷來弱勢的年輕族群中都能領先，一方面國民黨及親民黨都眾志成城，放下私人恩怨，為奪回政權而展現難得的團結合作。反觀執政的民進黨方面，除了擺脫不掉的陳水扁包袱外，四大天王（謝長廷、蘇貞昌、呂秀蓮、游錫堃）的大位爭奪戰，也重傷了彼此的筋骨。反映到三月八日的投票結果，馬英九與蕭萬長以五八％的高得票率遙遙領先謝長廷與蘇貞昌的四二％。立委的選舉結果更是一面倒。在新的、人數減半的立法院，國民黨竟占到七成二的絕對優勢（八十一席），民進黨占二四％（二十七席）。這是民主化後國民黨在選舉中取得最好的成績。
投票當天晚上七點半左右結果已見分曉。馬在競選總部上上下下忙著謝票，在總部外還向圍觀的支持群眾發表感謝講話，但他不忘指示主要幹部在晚上十點半到他的小辦公室集合，共同研商該走的下一步。好幾天前我就在思考這個問題，並已鎖定預訂四月十一日在海南島舉行的「博鰲論壇」做為勝選後的起手式。研究發現，博鰲論壇是大陸主辦的年度大型經濟性質的國際活動，大陸高層固然一定出席，不少國家的現任或卸任元首或高層官員也都會出席。台灣方面過去已經多次由「共同市場基金會」董事長的蕭萬長率團參加。該年極可能由大陸國家主席胡錦濤親自出席。所以如能由尚未就任副總統的蕭再次參加，並與胡會晤，將是雙方高層難得的溝通機會，絕對有助於日後兩岸互信關係的建立。我在十點半的會上提出這個創意後，立時得到馬的許可。隨後與陸方的溝通也十分順利，蕭就如期率領一個龐大的企業家團隊及筆者同赴博鰲。因為團員及隨行媒體人數太多，訂機位的時間又太晚，大陸方面還特別提供付費專機從香港來回博鰲。
在博鰲期間，蕭胡會了面。蕭提出「正視現實、開創未來、擱置爭議、追求雙贏」的十六字箴言。蕭還見了國台辦主任陳雲林及商務部部長陳德銘，另外還與美澳菲的幾位退休高官做了單獨會談。就在一切圓滿之際突然傳來大陸商務部的新聞稿提到「在一個中國的原則下，盡快建立起溝通協商平台」。我方認為這個「一個中國的原則」說法十分不妥，有違雙方默契，就立即表達抗議。陳德銘獲知後立即下令重發商務部官稿，並表達歉意，新華社隨即也澄清。[39]對台灣團隊而言，這個插曲凸顯了大陸官僚階層似乎仍然深陷舊思維，但政策高層已經向務實溫和的方向轉變。對兩岸關係來說，這算是一個好的開始。
「一個中國」的敏感性在另一個插曲上也看得出來。三月二十六日晚上大陸國家主席胡錦濤與美國總統小布希通了電話。布希說。馬的當選「給兩岸提供了一個全新的、相互伸手並解決歧見的機會」。胡錦濤的發言，根據新華社中文稿是：「我們期待兩岸共同努力，創造條件，在一個中國原則的基礎上協商正式結束兩岸敵對狀態，達成和平協議，構建兩岸關係和平發展框架，開創兩岸和平發展新局面」。[40]但是新華社的英文稿卻出現了一句中文稿沒有的話：「The Chinese Mainland and Taiwan should restore consultation and talks on the basis of ‘the 92 consensus’, which sees both sides recognize there is only one China, but agree to differ on its definition」（中國大陸與台灣應該在「九二共識」的基礎上恢復協商，也就是說雙方都承認只有一個中國，但同意對它有不同定義）。[41]上述斜體字的「一中各表」，就中共對台政策而言，絕對是個重大轉變，因為它代表中共從一貫的「一中」向國民黨的「一中各表」靠攏。美國白宮國家安全顧問哈德利（Stephen Hadley）當時轉述胡錦濤有此一說，好像更加深它的真實性。[42]
這對於長期主張「一中各表」的馬英九來說，簡直就是他當選後最好的禮物，所以他很快就開始加以運用，並在隨後幾年無數次的場合不厭其煩地重複這段話。但在北京方面，新華社英文稿的說法很快成為絕響，沒有任何權威文字呼應這段話。這顯示中共對台的「一中」核心並沒有改變。至於那晚的插曲究竟是胡錦濤的口誤還是工作階層的作業失誤，迄今沒有任何官方的澄清。
赴博鰲前，馬已正式邀請我擔任國安會的祕書長職務，將來協助他處理兩岸、外交、國防、情報方面的事務。扁執政時的國安會不只一次協助陳水扁拿對外議題來衝撞國內政治，如軍購公投與入聯公投，嚴重傷害了國家的安全與對外關係。新團隊有很高的共識，不能再次違反制度設計，犯下國安會內外大權一把抓的錯誤。所以國安會與行政院有了區隔；行政院主管國內事務，國安會則協助總統處理國外事務。由於馬自己對國外事務極有興趣也深富專長及經驗，事實上他後來對國安部分掌握甚廣甚深，每星期親自主持幾個相關會議，針對重大議題當場裁示，國安會從旁扮演盡職的幕僚角色。
我也經常告訴國安會同仁，國安會的新定位是總統的頭腦，而不是手腳。既為頭腦，就要耳聰目明，儘量蒐集資訊，同時要看得大、看得遠，要會布局，讓「三大之間難為小」的台灣走在形勢的前面，而不是後面，要防範於未然，還要主動思考並提出可以改善台灣安全及對外關係的創新點子。既不是手腳，就表示國安會不要介入執行面，干預部會的正常功能，而只在國安相關的部會協調產生窒礙時才出面協助解決難題。
另外由於國安會是總統的幕僚單位，所以只對總統負責，不必上立法院解釋或辯護政策（除了審查年度預算的唯一場合）。而且編制上自李登輝時期就沒有發言人的設計，當然就沒有嘴巴也不需要對媒體發言。為了向外界澄清馬陳國安會屬性的根本不同，也暗示我對過去國安會逾權的不滿，我就用「正派經營、專業至上」八個字向媒體說明新國安會的新定位。[43]
對這八個字媒體多半歡迎，但他們對我要「要潛水一段時間」，不再對媒體說明政策的說法就不能諒解。畢竟過去在野八年（尤其立委三年）期間我經常與媒體互動，現在突然決定要封口，他們好像很不能接受。這在後來一直造成國安會與媒體關係的緊張。但執政初期百廢待舉，為了重建最關鍵的大國信任，就只好犧牲與國內媒體的關係。民主化後的台灣政治非常透明，政治人物的言行常常變來變去，大家已經習以為常。但對外關係的本質與國內政治完全不同，凡事各國政府都要來回商量好多次，各自都有內部的敏感地帶，而且絕不能變來變去，所以如果常常把對外事務早早曝光，兩岸及國際關係的信任重建就都不可能了。
馬還請我提出國安會人事佈局的構想。至於其他相關部會的人事，他有的會徵求我的建議或看法，沒提的我也從不主動過問。有時我會奉命徵詢某些人擔任政務要職。其中不只一位基於不同理由婉拒馬的好意。這讓我深深感受到，民主化的台灣政治環境已經惡化到讓許多非常有能力與經驗的社會賢達，因為不願面對政務官的高門檻（如立法院羞辱、媒體責難、公布財產、「旋轉門」、不能訪問大陸等）而放棄服務公職的機會。
有次他特別與我長談陸委會主委賴幸媛女士的任命。基於我過去擔任陸委會正副主委及與她同時擔任立法委員的經驗，我向馬明確表達反對的意見。理由是，第一，雖然大陸政策的決策最終由總統定奪，但它的論述卻不可能依靠總統，也不可能倚賴沒有發言權的國安會，反而陸委會握有最響的麥克風，最多的發言場合及最大的幕僚資源。尤其新環境新人新政，正需要陸委會向民眾清楚而完整地闡釋新政府的執政理念。如果由一位完全不認同新理念的人來領導這個單位，我不敢確定她能做好這項工作。第二，陸委會剛好也占住執行整個大陸政策的交通要衝。它向上秉承總統的旨意，向下指導海基會與大陸的談判，橫向的還要與林林總總的部會聯絡，整合各部會意見形成相互呼應的政策網絡。如果這個交通警察主見甚深而且不擅協調，將來政策網絡上下左右的意見流通必然困難，會直接影響政策美意的執行成效。
馬聽了就笑說，「我就知道你會反對，但我管得住她，她也同意執行我的理念。你幫我看住她就好。」顯然馬的決心已下，我也只有接受。他的這個堅持讓我第一次感覺或許他對「觀感」（如省籍、黨籍、性別等）的重視更超過政策的實質；而這個「觀感」似乎也有一定的群眾傾向。
當時我覺得非常詫異。我覺得這個「觀感」考量當然重要，但他忘了對於政策，尤其是複雜如大陸政策者，掌握最多資訊的政府機關，像陸委會，其實有很大的機會可以說服民眾，影響民眾的「觀感」，而不必只是一味的跟著「觀感」走。更重要的，大陸政策有它的全盤性及長遠性，所以不能只被一時的民調或當下的「觀感」牽著走，而必須有更宏觀及長遠的思考才行。何況就算「觀感」掛帥，馬的分寸也可能過了頭。執政黨內符合「觀感」要件但仍能適當論述及協調的人大有人在。後來幾年他在其他人與事的分寸拿捏也常出現同樣的傾向，終於讓他的支持者逐漸離去，而且多半一去不復返。
後來幾年的時間證明，陸委會的潛基調似乎與馬上任前幾年相差無幾，而且幾乎沒有做任何新政府大陸政策的論述工作。譬如，馬及國民黨的大陸政策強調，中國大陸對台灣既是機會，也是威脅，兩者必須並重，不可偏廢；而政策上則要追求「機會極大化、威脅極小化」。這段話馬在競選期間不曉得重複過多少次。但新的陸委會多年來好像仍然多半強調威脅面而不是機會面；操作上也是「威脅極大化、機會極小化」。在國際上普受重視的「兩岸經濟合作架構協議」（ＥＣＦＡ）在論述時竟然被窄化成好像沒有重大政治意義，只有經濟意義，而經濟意義又再窄化成只有少部分人獲益的「早收」與「讓利」。再譬如，當全世界（尤其是美國）一再稱許的兩岸對話與和解，在台灣被部分人士扭曲為「傷害（或出賣）台灣主權」時，陸委會多半默不作聲，任由這些聲音在國內潛移默化民眾的思維。結果馬總統一面推進他的和解政策（包括直航、談判、簽約、交流等），但一面又允許政府論述好像仍停留在陳水扁的「一邊一國」。於是新政策與舊思想並存於馬政府內部，一股力量往前走，一股力量向後拉，讓馬的大陸政策走到第一任後期就已顯得舉步維艱。儘管如此，他的兩岸和解政策仍被證明是能夠讓他連任並支撐第二任基本低盤的主要支柱。既如此，當年和解的論述如果能與和解的政策齊頭並進，相輔相成，今天大陸政策的國內基礎會更穩定，兩岸和平發展也可能更為平順。間接的，經濟成長也可能更好。
我當時的第二點憂慮後來也不幸成真。在國安會任職期間，我不時接獲部會首長的抱怨，因此必須花許多時間及精力來處理本來不一定需要做的協調工作。這些事情小到不需要每件都向總統請示，但多到令我不得不懷疑陸委會與海基會之間及與其他部會之間的高層協調機制究竟還在不在。
國際矚目的馬總統就職演說經過千錘百鍊終於在五二○前一天完工。全文將近四千字，兩岸部分有四段，近八百字。為了尊重幾位大老的意見，他要我盡快把這八百字當面唸給連戰、吳伯雄、王金平及江丙坤等人聽。我就立即安排求見他們，並順利在他們的辦公室或家裏見了面，他們也都表示尊重。我記得由於時間緊迫，與江丙坤是約在國民黨中央黨部地下車庫他的座車內完成任務。與連先生的會面也讓我印象深刻。在他的客廳裡，他聆聽了以後立即取出紙筆，要我一字一句再唸一遍，他則逐字手抄，足足花了大半天才全部抄錄完畢。當時我就想，再過兩天就會全文公布，為什麼還要如此費事？一個念頭閃過，但不敢再想下去。後來證明連戰與胡錦濤的互信關係使連胡「山寨版」的年度高峰會，在馬胡恪於形勢不能直接會面的情況下得以存在，並協助馬胡（或馬習）傳遞權威訊息及培養互信，可說功不可沒。
除了人事布局耗時費事外，有些外國政府已經迫不及待地把它們關心的重大案子向我們提出，甚至派遣特使主動來台接觸。我們都是只聽不說，一切留等上任再斟酌處理。為了履行七月四日開通週末包機的承諾，馬團隊整個五月大動員，一方面研究陳水扁任內完成的方案，一方面評估未來可能的新需要及可行步驟。我們發現陳時期的陸委會已透過民間團體與大陸對口單位就直航的技術問題在澳門談過幾次，也就是後來所謂的「澳門模式」。[44]這些技術性會談打下的基礎雖然不足以成事，但也有幫助，節省了新政府不少學習的時間。所以在直航議題上，民進黨有做事，但為什麼不能完成？這再次驗證，在兩岸關係或國際關係上，有沒有意願才是最重要的。若沒有意願，咫尺就是天涯；如有政治意願，天涯都可以變成咫尺。
五二○的馬英九談「感念台灣對新移民的包容之情、栽培之恩與擁抱之情」、談廉能政治、談守護憲法、談國際空間。但各界最關切的還是他的大陸政策。他表示要抓住「難得的歷史機遇」，「以最符合台灣主流民意的『不統、不獨、不武』理念」，在「九二共識」的基礎上儘早恢復協商，追求雙贏，並在該年七月促成包機直航及大陸觀光客來台。
二十年波濤起伏甚至瀕臨戰爭邊緣的兩岸關係終於告一段落。一個全新的紀元即將展開。
承當事人面告。⤴ 黃菁菁，「馬：別再叫我反日派」，《聯合報》，二○○七年十一月二十二日，第Ａ４版。⤴ 劉世忠，《歷史的糾結：台美關係的戰略合作與分歧》，（台北：新台灣國策智庫，二○一○），頁九一。⤴ 林美玲、林新輝，「扁：見過幾次面，宋該說清楚」，《聯合報》，二○○二年十一月六日，第一版。⤴ 「扁宋會聯合聲明全文」，《自由時報》，二○○五年二月二十五日。⤴ 陳敏鳳，「扁：李登輝做總統，也改不了國號」，《聯合報》，二○○五年三月二日，第Ａ１版。⤴ 林寶慶，「薛瑞福：對話比沒對話好」，《聯合晚報》，二○○五年四月七日，第二版。⤴ 林濁水，「國家的不理性目的與理性決策」，吳釗燮主編，《台海兩岸關係與中國國際戰略》，（台北：新台灣國策智庫，二○一一），頁一九一。⤴ 「連主席和平之旅深獲國際肯定」，《大陸情勢雙週報》，國民黨中央政策會編印，第一四六○期，二○○五年五月十一日，頁二四。⤴ 詳見高輝，「國共論壇的現況與發展」；張榮恭，「國共平台的現況與發展」，蘇起、童振源主編，《兩岸關係的機遇與挑戰》，（台北：五南，二○一三）。⤴ 兩位當事人均如此面告。⤴ 「台灣政治領袖心理檔案工作小組」編著，《信任與背叛：陳水扁心理檔案》，（台北：心靈工坊公司，二○一一），頁一六七〜一七四。⤴ The White House, “President Bush Meets with Chinese President Ju Jintao,”見http://2001-2009.state.gov/p/eap/rls/rm/2005/53091.htm⤴ 顏建發，《台灣的選擇：亞太秩序與兩岸政經的新平衡》，（台北：新銳文創，二○一四），頁一○四。⤴ “Conditions Aren't Ripe,” Newsweek, December 25, 2005. 見http://www.newsweek.com/conditions-arent-ripe-114231⤴ 林濁水，《歷史劇場：痛苦執政八年》，（台北：印刻，二○○九），頁一六七。⤴ 蘇永耀、王寓中、施曉光、李欣芳、李靜芳，「綠營促馬道歉、蘇起辭立委」，《自由時報》，二○○六年二月二十三日，第Ａ２版。⤴ 同前注。⤴ 高凌雲、秦富珍，「立委大猜謎，藍：發起尋找總統」，《聯合晚報》，二○○六年五月四日，第三版；陳其育，「藍軍痛批：迫降自取甚辱扁玩火過頭」，《中央日報》，二○○六年五月五日，第三版。⤴ 劉世忠，前引書，頁一五一。⤴ 轉引自林正義，「台灣入聯公投與美中反應、共管的辯論」，裘兆琳主編，《中美關係專題研究：2004-2008》，（台北：中央研究院歐美研究所，二○一一），頁一六一。⤴ The White House, “Press Briefing on the President's Trip to Australia and the APEC Summit by Senior Administration Officials,” August 30, 2007. 見http://2001-2009.state.gov/p/eap/rls/rm/2007/91682.htm⤴ 林正義，前引書，頁一七九。⤴ 陳水扁，《關不住的聲音》，（台北：凱達格蘭基金會，二○○九），頁一○○。⤴ 見「中台辦、國台辦就陳水扁當局公告舉辦入聯公投發表受權聲明」，新華網，二○○八年二月二日。⤴ 張炎憲、陳世宏主編，《蔡明憲與捍衛國防》，（台北：財團法人吳三連臺灣史料基金會，二○一一），頁二○○。⤴ “2007 Report to Congress of the U.S.-China Economic and Security Review Commission,”(November 2007), p.218⤴ “Taiwan Strait Tension Cools Off,” Washington Times, April 17, 2008⤴ The US Department of Defense's Annual Report to Congress: Military Power of the People's Republic of China 2008, p.23. 見http://www.defense.gov/pubs/pdfs/China_Military_Report_08.pdf⤴ 見二○○六年陳水扁總統元旦祝詞；鄒景雯，「中國圖謀二○二○年解決台灣」，《自由時報》，二○○六年一月十一日，第Ａ１版。⤴ 吳明杰、林諭林，「扁提四要。李傑：他說說而已，不必認真」，《中國時報》，二○○七年三月十三日，第Ａ４版。⤴ 陳世昌，「中共射導彈，日本剉著等」，《聯合報》，二○○七年一月二十一日，第A18版。⤴ Roger Cliff, Mark Burles, Michael S. Chase, Derek Eaton, and Kevin Pollpeter, “Entering the Dragon's Lair: Chinese Antiaccess Strategies and Their Implication for the US,” (RAND, 2007), pp.111-113⤴ 蔡明憲，前引書，頁二○○。⤴ “China-Taiwan Conflict Scenarios,” in China's New Great Leap Forward: High Technology and Military Power in the Next Half Century, Hudson Institute, pp.89-90, November 22, 2005.⤴ Peter W. Rodman, “China's Military Modernization and Export Controls,” Remarks before the U.S.-China Economic and Security Review Commission (March 16, 2006), p. 8. 見http://www.dod.mil/dodgc/olc/docs/TestRodman060316.pdf⤴ 陳世昌，「馬抵京都，暢談台海和平」，《聯合報》，二○○七年十一月二十二日，第Ａ２版。⤴ Lyle J. Goldstein, “Undersea Dragons-China's Maturing Submarine Force,” Hearing Before the U.S.-China Economic and Security Review Commission (February 6, 2004), p.148⤴ 「博鰲會，中國急撤一中字句」，《中國日報》，二○○八年四月十五日。⤴ 「胡錦濤：在“九二共識”基礎上恢復兩岸協商談判」，《新華網》，二○○八年三月二十六日，見http://big5.xinhuanet.com/gate/big5/news.xinhuanet.com/tw/2008-03/26/content_7865604.htm⤴ “Chinese, U.S. presidents hold telephone talks on Taiwan, Tibet,” Xinhua, March 27, 2008. 見http://news. xinhuanet.com/english/2008-03/27/content_7865209.htm⤴ 李明賢、張宗智，「布胡熱線 拋出一中各表」，《聯合報》，二○○八年三月二十八日，第Ａ１版。⤴ 李明賢，「蘇起：國安會必正派經營」，《聯合報》，二○○八年五月十二日，第Ａ４版。⤴ 張炎憲、陳世宏主編，《吳釗燮與外交突圍》，（台北：財團法人吳三連台灣史料基金會，二○一一），頁一○四〜一○七。黃偉峰，「兩岸協商談判經驗之比較：一九九○〜二○一○年」，吳釗燮主編，前引書，頁一○五〜一二二。⤴