“碧蹄馆大捷”与宋应昌、李如松的辩白
虽然宋应昌、李如松向朝廷递交伪报，称明军在碧蹄馆打了大胜仗，日军已尽数撤兵回国，但朝鲜战场上的真实情况还是被明朝的一些地方大员探知。浙江巡抚彭应参为此弹劾宋应昌捏造“碧蹄馆大捷”，又向日本人阴许通贡，劝阻明神宗不要许可日本人的通贡之请。
彭应参在疏文中说：“当初朝鲜用兵，倭奴紧逼我朝国境，经略宋应昌令沈惟敬频繁往来倭营。等到碧蹄馆一战，我师长驱之气已沮，倭奴请求通贡的口气愈加高傲，而宋应昌代求通贡之说愈加坚定。时内阁诸臣，为此争论激烈，随即皇上下达‘不得轻许通贡’之旨。臣心想，倭奴通贡，断不宜许，皇上可以一言而决。现在降旨说‘不得轻许’，是明示以临机应变之意，但还是流露出了可许的态度。又接到当事者的书信称：‘倭奴碧蹄馆一战之后，畏威服罪，乞哀通贡，不出五月可了。’这个说法非常可笑，此战中，我军大将仅以身免，倭奴何畏之有？而倭奴乞哀求贡，是出于真心吗？不过是宋应昌因为师出异域、久无功绩，所以阴许通贡，速得倭奴回巢，归朝叙功。臣窃想，倭奴通贡，势必自宁波入，而绍兴、杭州、嘉兴等处，皆必经之地。臣恐怕地方骚扰，设备劳费，如果倭奴趁机肆虐，那沿海重镇、财赋大区，所遭荼毒，将不知如何惨烈。又想到天下财赋，一年不过400万两白银。北虏（鞑靼）通贡，一年就要为他们花费掉360万两。耗尽天下财富，也不过仅仅应付虏贡，所幸东南无事耳。如果再许倭奴求贡，那淮安、扬州、苏州、松江、浙东、浙西、福建、广州这些地方都要开市，皆当备御，而东南的市费，当不减西北，这些都是严重危害国家的地方。臣希望皇上断然不许通贡，辅臣、兵部尚书各输忠赤之心，不要过分听信匪人的自辩之计。”（《明神宗实录》）
宋应昌被弹劾以后，先是狡辩自己只答应日本人册封，并没有答应准贡。后来，他情绪更加激动，又洋洋洒洒写了一纸奏文，向明神宗辩白。他辩称自己答应日本人通贡，只不过是欺骗日本人的羁縻之计，是把日本人骗出平壤、王京、朝鲜的调虎离山之计。在奏文上，宋应昌如此替自己辩解：
一、臣从万历二十年九月开始，奉命经略备倭事宜，十月末抵达山海关。此时，我军才刚刚开始征用东征兵马，购置粮草，军火、器械也都才开始制造，提督大将李如松亦未来到军前。臣与赞画刘黄裳、袁黄等人苦恼之际，沈惟敬来到山海关面见臣。此前七月，沈惟敬奉兵部尚书之命，至倭营探听消息，十月自倭营回来，面见兵部尚书。兵部尚书上奏题本，将沈惟敬发往臣标下听用。惟敬到了山海关，对臣说：“倭酋长行长欲乞通贡，约定在60天之内不攻朝鲜，以待回音。现在约定的日期已经到了，希望带着金子再入倭营，使行长收兵。”臣默默地想：“军前诸务未集，沈惟敬这么做，足缓倭兵西向。”而兵部尚书也写了亲笔信交给臣，让臣拨发1000两白银给惟敬，于是臣便嘱咐中军将官杨元，让他如数将银两交给惟敬，使其再入倭营。臣则即刻兼程行至辽阳，星夜督办进兵朝鲜之事。而提督李如松，也在十二月初抵达辽阳，奖率三军，选定吉日出师。这时候，正好沈惟敬又从倭营回来，向臣禀报：“行长愿意退出平壤，以大同江为界。”臣姑且许可，将惟敬发往提督标下，拘留在营中，不许他私自再进入倭营，命令他跟随提督的军队，一同向平壤进发。如松听了臣的话，只许惟敬派遣家丁去见行长，约定在一两日内退出平壤。此时行长尚在踌躇，家丁未及回话，而我兵已抵平壤城下，出其不意，攻其不备，于是便有平壤之捷，之后又收复了开城。设想如果当初不让惟敬出使平壤，不与行长协议停战，那倭人将逞其凶焰，从平壤长驱至义州，分党徒把守鸭绿江。恐怕到那时，我兵就不能飞渡鸭绿江了，又哪里还会有平壤、开城之捷？这实际上，就是臣的讲贡之计。臣假装答应与倭奴讲贡，牵制了倭奴，才得以攻破平壤。
二、在此之后，倭奴并集王京，合咸镜、黄海、江原等道倭兵，据报一共有20万人之多。而我兵不满4万人，转战之后，士马疲劳，强弱众寡，已不相当。大雨滂沱，道路泥泞，天时地利又不在我。于是只有暂时休息，广布军声，对外声称臣与如松前后统兵不下数十万人，以恐吓倭军；又多行间谍，发免死帖数万纸，招出王京城内被日军胁从的朝鲜百姓，分散敌人的力量；又修筑开城城垣，以示久驻之意；命令死士夜持明火、飞箭，射烧龙山仓粮，摧毁敌人的粮储；时时增添新兵，运粮于开城间，以示不久将攻王京之意。于是，倭奴既畏惧我军的这些动作，又没有察觉到我军的多方失误，便再次致信沈惟敬，想要乞贡退归。臣又想，趁其请贡乞和之机，可施以调虎离山之计，随即便应允了倭奴。王京为朝鲜都会，居本国之中，左江原，右黄海，南全罗，东庆尚、咸镜，为之掎角，忠清为之辅车。如果不度量敌我的力量差异，强行力攻，则非但王京不能攻克，也将使我兵不能保全。即便小胜，反使倭众东犯西掠，贻害无穷，朝鲜将一直遭受日本荼毒。在这种情况下，臣假意答应行长乞和，责令沈惟敬专主其事，以释其疑；发谕帖，晓以利害，以示其诚；分布将领，不许偷杀零倭，以示其仁；责令速还王子、陪臣，途中不许生事，以结其义；立即题请皇上封贡，颁发明旨晓谕，以固其心。在这种种动作之下，倭奴才相信了臣，在四月十九日的时候遁出王京。臣听说倭奴退出王京以后，随即令大兵尾进，一以绝其复来，一以禁其旁掠，一以督其速归。不到20天的时间，倭奴就全部退到釜山了，而釜山是海角荒僻无人之地。自王京以南千余里，朝鲜故土尽复，得以中兴。设想，如果臣当初拒绝了行长的乞贡之求，那样麻烦就大了。届时，倭奴没有归志，还会以其20万众分为数股，东扼汉江之南、西绝岳山之北，然后抄掠全罗等处未破郡邑，以取兵食，时时出动游骑往来临津江上下，以扰我师。那样的话，臣恐怕东征也没有罢师之日了。就像臣之前在塘报中所说的那样，“通贡一事，只有听从皇上主持，从来没有轻易许贡。不论贡与不贡，但使倭奴尽数下海，朝鲜故土复还”，报书现在可查。实际上，这还是臣的讲贡之计。臣再一次假装答应与倭奴讲贡，结果把倭奴诱骗出了王京。
三、之后，倭奴屯驻釜山，臣调遣大兵扼守大丘、善山、南原、云峰一带，又预先咨文朝鲜国王，令其速调全罗等道水兵、龟船，前赴釜山海口。臣当初想，如果倭奴迁延不归，就选择时机，联合朝鲜水军前后剿杀。但这一计划最终难以实现，因为朝鲜兵船为倭奴隔绝，不能前来；而我将士，也声称因为缺粮、生病，在追击途中撤兵了。因此，臣只留刘等兵分布大丘等处防守，又行牌督责沈惟敬久在倭营不归之罪，令他星夜前来，勿再羁留倭营，并令沈惟敬晓谕倭将行长、清正等：“为何尚结阵釜山不退？如果敢于执拗、倔强不服，那天朝便要整顿马步军兵，以将军、霹雳、飞虎、子母等炮，直至釜山声罪致讨，断不轻饶。”于是在六月二十日，沈惟敬自釜山起身，带领倭将小西飞和30名倭众前来乞贡。但这个时候，又接到报告：“倭奴攻犯晋州，欲逼全罗道。”臣怀疑倭奴阳顺阴逆，随即命令如松发兵，协守全罗道。除了救援晋州外，又行牌嘱托如松：“如果惟敬与倭将前来乞贡，提督听其所讲何事，如果对方讲的话不当，就晓谕他们：‘尔今不放还王子、陪臣，不调归釜山倭众，不令谢用梓、徐一贯二使前来，此贡断难准许。’然后就将倭将羁留，勿要轻放。”又行牌嘱托沈惟敬，令其晓谕倭将速还王子、陪臣，然后尽数渡海回国，如果敢别生异议，那天朝将发兵剿灭。到了七月二十日，如松禀称：“惟敬带倭将而来，某立即示以兵威，并同众将见倭将，责备道：‘尔等既欲封贡，如何又犯晋州？是何道理！既然如此背约，今日先斩尔等！’倭将听了以后大惧，跪在地上不停叩头。某又差人前去釜山，开谕倭众。”这时候，先遣二使谢用梓、徐一贯从日本回到釜山浦，说：“已经面见关白，关白非常恭谨礼待，愿意效顺天朝。他对我们二使及随从人员，都有厚赠。”于是，行长等人立刻释放朝鲜王子、陪臣、家眷，在粗粗践行以后，就让他们跟随谢用梓、徐一贯于七月二十日从釜山回来。在此之后，倭奴乘船浮海，离釜山远去，回到日本。只有行长带着少量倭众，在海中西生浦暂驻，以待先遣倭将小西飞的回音。此时属国朝鲜已尽复，王子、陪臣、二使尽归。之后操纵封贡与否，皆由我做主。如果说臣真的许贡，那倭奴出王京之时，何以令大兵尾击？何以调朝鲜兵船？何以屡次下令诸将剿杀倭奴？何以不奖惟敬之功劳，而责惟敬之罪过？何以倭将到来，不施之以恩，而加之以威？这实际上，仍然是臣的讲贡之计。臣再一次假装答应与倭奴讲贡，结果把倭奴诱骗出了朝鲜。
四、倭酋前后虽有乞贡之称，但臣实际上只是假装答应讲贡，没有真许之意。只是将计就计，托以空言而已。跪求皇上敕下兵部，再为酌议，查核臣前后讲贡之由，实是借贡以退倭，未曾轻许而误国。（《经略复国要编》）
宋应昌在奏文中洋洋洒洒写了许多理由替自己辩白。应该说，他说的有一部分确实是事实。例如明军收复平壤，确实是依靠事先就已经制订好的“讲贡之计”。明军假意与日军议和，答应日军提出的通贡要求，在日军解除心理防备的情况下，趁机掩袭平壤城，将日军打了个措手不及，从而将其驱逐出平壤。但之后是否也同样如此，宋应昌一而再再而三地实施“讲贡之计”以诱退日军？其实，这些都是宋应昌替自己狡辩的说辞。事实上，他在碧蹄馆之战以后，确实是“阴许封贡”，向日本人妥协了。（《明史稿·宋应昌传》）而他在替自己澄清的奏文里，还伪称除了小西行长带着少量倭奴在海中西生浦暂驻，等待内藤如安的回音外，其余倭众已尽数渡海回国。这样的说法，无异于是公然欺骗明神宗。
态度全然转向主和的兵部尚书石星也站出来为宋应昌说话，替他圆谎。石星向明神宗解释说宋应昌的“许贡”确实是退敌之计，兵不厌诈，他自己作为兵部尚书也参与其中；又说无论册封还是通贡，从没有轻易许诺过日本人；还说，已经让宋应昌、李如松宣谕小西行长从西生浦回国，可以等关白献上降表以后再讨论封贡之事。（《经略复国要编》）
但宋应昌、石星的谎言，很快就被兵科都给事中张辅之戳破了，他上奏说：
经略宋应昌之奉命东征也，逾匝岁于兹矣。据其奏报，其所自鸣则报捷叙功已耳，其所谓倭则畏威悔罪已耳，初未尝显言某日议贡、某日议封也。借贡退倭之说，至今月初八日始见应昌疏中。而同谋借贡之说，至今月十八日再见本兵石星疏中。夫绝贡之旨屡下，两人胡以擅许也？彼托之“兵道尚诡，非真许也”，许贡之谋已久，而诸臣胡以不闻也？彼托之“兵事贵密，难轻泄也”，譬如养疽，而不虞腹心之将溃乎？（《明神宗实录》）
尽管张辅之的话都切中了要害，不过明神宗并没有处罚宋应昌。
另一方面，李如松同样被弹劾捏造“碧蹄馆大捷”，不得不上疏辩白：
本兵（兵部尚书石星）亟于东征，促臣速行，只得抱病誓师，渡江进发。遵奉经略指授，同赞画刘黄裳督领将士，复克平壤，袭取开城。于时各贼望风四散，奔集王京。臣又预令副将李宁、祖承训、张应种、高升等，领前锋三千人，分道追赶，直至王京城下，遇贼五六万齐出，趣（趋）至碧蹄馆，为贼所困。比臣随兵止五百人，踏勘道路，倏闻前兵被困，臣即星驰至彼，一面调兵接应。然而两军展战，必待应兵，缓不相及，臣遂跃马，突入重围。军士厉气从臣，以一当百，挺身血战，奋呼冲杀……而贼遂披縻，遁归王京，臣于碧蹄安营。是倭奴之胆，既丧于平壤，再丧于开城，而又大挫于碧蹄之一战。盖平壤之师，主客相当，开城之追，势如破竹；独碧蹄猝遇，众寡不敌，军无生路，岌乎殆哉，贼见我以寡胜彼，遂悔罪乞款。我得长驱东向，克复王京，驱之釜山，皆碧蹄一战力也。（《壬辰记录·李提督自辩》）
根据李如松的狡辩，碧蹄馆之战是他以3500人大破五六万日军的辉煌大捷，以寡胜众，日军“大挫”。经碧蹄馆一战，战败的日军从王京逃遁，一直逃到了釜山，并悔罪乞贡。李如松又狡辩道，他已经把日本人全部驱逐出朝鲜，日本人尽皆回到海岛，拼命向明朝乞求通贡：
夫王京之倭，追而至釜山矣。朝鲜地方尽数恢复矣。虽其逡巡跧伏，忽犯全罗，而臣预有精兵埋伏，猝遇于宿星岭，斩首三十五颗，而奔溺死伤，不能计数。由此倭亦恐惧，悉归海岛，将朝鲜王子、陪臣，送还归国，求款益切。（《壬辰记录·李提督自辩》）
从宋应昌、李如松的辩白来看，两人胆大包天，竟然在奏文中捏造事实，公然欺骗明神宗。不过，两人有惊无险，并没有出什么事。然而，对宋应昌、李如松二人欺瞒行为的揭发，并没有就此结束。