由于日军尚且屯据在朝鲜沿海，因此明朝必须与日本在某些条件上达成妥协，实现议和，才能使日军从朝鲜尽数退兵。以兵部尚书石星、前经略宋应昌、现经略顾养谦、提督李如松为首的主和派，为顺利与日本议和，避免节外生枝，向大明朝廷隐瞒了丰臣秀吉提出的《大明日本和平条件》，又设法处死了泄露私许和亲之事的诸龙光。当和亲的传闻闹得沸沸扬扬以后，主和派将议和的唯一希望寄托在封贡问题的解决上，希望明神宗允许日本提出的封贡要求，以换取日本从朝鲜撤兵。
但是，自从宋应昌、李如松带领乞求封贡的日本使者内藤如安进入辽东以后，朝廷内部对于是否封贡，争议不断。
万历二十二年一月，已经离职的前经略宋应昌向明神宗上奏，声称内藤如安表现得恭敬、真诚，没有异样，请求朝廷尽快同意日本的封贡要求。（《壬辰记录·宋应昌议贡题本》）同年四月六日，接替宋应昌的新经略顾养谦也向明神宗上奏，请求同意日本提出的封贡请求。明神宗对此指示说：“敕兵部会九卿科道议闻。”
五月一日，朝廷召开九卿科道会议，讨论封贡之事。多数科道官的意见是“罢款议守”，也就是停止跟日本议和并加强边境守备。五月六日，福建巡抚许孚远递上《请计处倭酋疏》，表示不可对日本封贡。次日，辽东巡抚韩取善也上奏要求并绝封贡，并提议将明军的防线收缩到鸭绿江一带。
兵部尚书石星虽然力主封贡，但是顶不住巨大的舆论压力，《明史稿·石星传》说他“张皇，不敢决业”。在巨大的心理压力下，石星只好于同一天上奏明神宗，表示不可对日本封贡。之后，明神宗下旨说“这封贡都着罢了”。
根据日本学者三木聪的研究，对大明朝廷决定不许封贡影响最大的，其实是福建巡抚许孚远上奏的《请计处倭酋疏》。这份疏文分为两个部分，前半部分整理了许孚远派人在日本进行的谍报活动和采集到的日本情报，后半部分是许孚远反对封贡的理由，以及制定的对日军事方案。正是基于这些情报，明神宗才做出了不许封贡的决策。许孚远是如何采集这些情报，并直接影响到明朝的对日政策，还得从他出任福建巡抚说起。
万历二十年十二月，宋应昌、李如松出兵朝鲜前夕，许孚远上任福建巡抚。兵部尚书石星派名色指挥沈秉懿、史世用二人来见许孚远，声称要取道福建，前往日本打探倭情。但许孚远觉得沈秉懿年纪大了，看上去比较狡猾，并不是很可靠，就让他回去向石星报告，没有起用他。而对于史世用，许孚远则相当看重，认为他体型魁梧，又有才华，便让他到日本去刺探情报。
万历二十一年四月，许孚远让史世用扮成商人，跟着一个叫许豫的海商从泉州府同安县出发，渡海前往日本萨摩。这位许豫，实际上也是许孚远派出的间谍人员。六月，许豫、史世用从福建发船，随行的还有张一学、黄加、黄枝、姚明、姚治衢等扮作海商的间谍。一行人于七月在日本九州岛的内浦港登陆，这里距离萨摩尚远。
许孚远在萨摩有一个内应，这个人就是许仪后，他是寓居萨摩的华人，同时也是萨摩岛津家家督岛津义久的药师，深得岛津义久的器重。当年丰臣秀吉准备入侵大明的消息，最早就是许仪后偷偷托人通报给福建地方政府的。史世用在内浦港登陆后，打听到岛津义久和许仪后已经一同离开萨摩，前去丰臣秀吉的侵朝总指挥所名护屋了。于是，他与许豫分别，自己单独前往名护屋，设法去找许仪后。而张一学等人则偷偷前往丰臣秀吉日常居住的城郭，观其山川形势，探其动静。
八月十三日，岛津义久、许仪后离开名护屋，回到萨摩。二十七日，史世用把许仪后带到内浦港面见许豫，悄悄商量刺探日军情报的事情。九月三日，许豫准备好了礼物，让史世用假扮成客商，两人跟随许仪后去萨摩，面见岛津家的老中伊集院忠栋。但伊集院忠栋一见到他们，就起了疑心，对许仪后说：“此恐非商贩之人。”
许仪后也干脆大方地承认，说：“亦是大明一武士也。”
经过一番解释，伊集院忠栋打消了怀疑，并将自己穿的盔甲送给了许豫。但到了九月十九日，许豫、史世用等人前来刺探倭情的消息被人泄露。岛津义久派其军师——大隅的日本僧人玄龙来到内浦港，试探性地问许豫：“船主得非大明国福建州差来密探我国动静之官耶？”
许豫大方承认，对玄龙说：“是。因尔国侵伐高丽，杀害人民，我皇帝不忍，发兵救援。近闻差游击将军沈惟敬来讲和好，我福建许军门听知，欲发商船前来贸易，欲审虚实，先遣我一船人货来此，原无他意。”（以上对话出自《敬和堂集》）
玄龙听了许豫的解释，半信半疑。
十月，岛津义久将许仪后派往朝鲜，而史世用与许豫的关系也出现了裂痕，于是史世用决定先离开日本，回到福建向许孚远报告倭情。但史世用乘坐的船在途中遇到大风，飘到了琉球，之后经历了一段流浪生活，过了很长一段时间，才辗转回到福建。
而许豫、张一学、黄加、黄枝、姚明、姚治衢等人继续留在内浦港，没有回到福建，因为他们受到了岛津义久的监视，不被允许离开。
十一月，岛津义久会同伊集院忠栋，派出一名叫黑田的日本人，来到内浦港，把许豫带到萨摩问话，确认他有没有探听情报的嫌疑。经过倭僧玄龙与许豫的笔谈问答，岛津义久确定许豫没有嫌疑，因此非常高兴，允许他将原先在日本购买的200担硫黄载回福建。岛津义久又将一封信交给许豫，让他回到福建后转交给福建巡抚许孚远。在信中，岛津义久表达了与大明通商、贸易的意愿。
万历二十二年一月，许豫带着同行商人郑龙、吴鸾，以及一个早年被掳掠到日本的温州瑞安人张昂，从九州岛发船回到福建，向许孚远报告在日本打听到的情报。许豫汇报的情报一共有以下几条：
一、探得关白姓平，名秀吉，今称“大阁王”，年五十七岁，子才二岁，养子三十岁。关白平日奸雄诡诈，六十六州皆以和议夺之。
二、前岁侵入高丽，被本朝官兵杀死不计其数，病死与病回而死者，亦不计其数。彼时弓尽箭穷，人损粮绝，思逃无地，诡计讲和，方得脱归。
三、关白令各处新造船只千余。大船长九丈，阔三丈，用橹七十枝（同“支”）；中船长七丈，阔二丈五尺，用橹六十枝。谕访诸倭，皆云：“候游击将军和婚不成，欲乱入大明等处。”
四、日本六十六国，分作二关，东关名“相板关”，西关名“赤间关”，内称有船数千船，限三月内驾至千大溪点齐，莫知向往何处。又点兵十八岁至五十岁而止，若有奸巧机谋者，虽七十岁亦用之。
五、日本长崎地方，广东香山澳佛郎机番每年至长崎买卖，装载禁铅、白丝、扣线、红木、金物等货，进见关白，透报大明虚实消息。仍夹带倭奴，假作佛郎机番人，潜入广东省城，觇伺动静。
六、关白奸夺六十六州，所夺之州，必拘留子弟为质，令酋长出师以侵高丽，实乃置之死地。各国暂屈，仇恨不忘。及察倭僧玄龙与豫对答语气，义久等甚有恶成乐败之意。豫于写答间，亦略有囮诱（引诱）之机。
七、浙江、福建、广东三省人民，被虏日本，生长杂居六十六州之中，十有其三，住居年久，熟识倭情，多有归国立功之志，乞思筹策，令其回归。（《敬和堂集》）
许豫汇报的消息里，最重要的是第三条和第六条。第三条情报指出，游击将军沈惟敬没能及时兑现与日本人的“和婚”约定，致使丰臣秀吉下令新造千余艘船只，准备侵入大明。许豫带来的跟“和婚”有关的这条情报，日本学者三木聪指出：“对于打算借由允许封贡来达成明、日媾和的经略宋应昌和游击沈惟敬而言，让明朝中央知道秀吉要求和婚的事情是大为不妥的，因此他们竭力隐瞒和婚的真相。”（《福建巡抚许孚远之谋略——围绕于丰臣秀吉“征明”》）
而在第六条情报中，许豫指出岛津义久希望丰臣秀吉侵略朝鲜失败，对丰臣秀吉似乎颇为不满，他认为可以抓住这一点，设法让岛津义久对丰臣秀吉竖起反旗。
基于掌握到的情报，许孚远上奏《请计处倭酋疏》，请求朝廷不可答应日本的封贡之请。他在这份上疏中提出了自己的看法：丰臣秀吉不但在统一日本的过程中发挥“奸雄之智”，“篡夺国柄，诈降诸岛”，还用“攻伐之谋”来“兴兵朝鲜，席卷数道”；现在，他“整造战舰，以数千计，征兵诸州，以数十万计”，无疑“有窥中国之心”。此次乞封并不是秀吉的最终目的，他是想利用册封让日本“诸夷”处于服从地位。大明以“信义”来应付秀吉“豺狼之谋，狐兔之狡”，是完全行不通的。许孚远坚信不管大明封贡与否，秀吉必定会发动侵略。他建议对日本“诸酋长”发下“擒斩秀吉”的诏敕，其中最适合的人选是萨摩的岛津义久，认为十分有必要将其策反。许孚远又建议，在必要时刻，大明可以发战船2000余艘，出兵20万人，直捣日本巢穴，使秀吉无处遁逃。
许孚远的《请计处倭酋疏》于五月上呈朝廷以后，对明朝的对日方针产生了重大影响，明神宗宣布并绝封贡，不接受日本人提出的议和要求。但值得注意的是，许孚远的《请计处倭酋疏》无疑提到了沈惟敬向日本人私许和亲的事实，而上个月刚刚发生了诸龙光因检举李如松私许和亲而被下狱处死的事件。许孚远从福建海商那里得到的情报，无疑证实了诸龙光的说法并非子虚乌有，他是被冤枉的。但是这一细节，大明朝廷却有意无意地忽略了，并没有做任何计较。
再说回许孚远，他在《请计处倭酋疏》中提出的策反岛津义久对付丰臣秀吉的战略，一定程度上取得了进展。岛津义久秘密派遣亲信张五郎，从萨摩来到福建，前来拜谒许孚远。许孚远与福州知府何继高商议，决定利用岛津义久挑动其他日本大名，让他们一同造反。二人设想，一旦日本国内出现动乱，朝鲜不用明朝相救便可保全，而大明自身也不用特别防卫日本。于是，许孚远授予海商许豫“名色把总”一职，由他带上把总刘可贤、名色把总伍应廉、岛津义久的亲信张五郎等人，再次从福建开船驶向萨摩。许孚远做了两手准备，他一方面制作了檄文，让许豫、刘可贤等人带去交给丰臣秀吉，劝谕他罢兵；另一方面又让许豫、刘可贤和许仪后搞好关系，让许仪后做足策反岛津义久的工作。（《敬和堂集》）
许孚远写的这篇檄文，被收录在《岛津家文书》中，原文如下：
钦差提督军务兼福建地方都查院右佥都御史许，檄告大（太）阁先生关白知道。我久闻先生掌握兵柄，大名若雷，大福若山，尽海外无双之品也。统率六十六州，山河赤子，岂非英雄豪杰者所为？我天朝自洪武皇帝开国以来，计二百余年。虽主圣臣良，无异唐虞三代世界，而一念怀柔远人之道，实拳拳殷殷，无一日息也。兹者旧年有尔萨摩州修理大夫藤原义久（岛津义久），将文书一通，付我武生许豫、同本州通事张昂，赍到福建，交送与我。我诵其文中，意趣甚好。且称，尔国君臣，思与我天朝款好。我思，此样文字，必出于先生高妙。则知，平昔谣传，尔国屡欲兴兵内犯，率皆奸徒勾诱邀利者，倡为此说，以污先生美名，遗累盛德。今当不辩而破矣。似此安享天年，静回造化，而天地神明，必保佑先生积善之报。理当天赐贵子贵孙，世济大位，而扬名万祀也。吾今特遣守备刘可贤，军门赞画姚士荣，名色把总许豫、伍应廉，同原在萨摩州差使人张昂，同赍文前来，回答义久。因思先生在主日本，且久瞻仰风采，乃谨具檄文一通，附候钧座幸惟照谅。是祷。
从这封檄文来看，许孚远百般恭维丰臣秀吉，甚至敬称其为“先生”，希望用温和的语气劝告丰臣秀吉罢兵。不过，这封檄文并没有得到丰臣秀吉的任何答复，最后不了了之。不过，刘可贤还是说服了岛津义久。岛津义久派遣军师玄龙随刘可贤一同返回福建，前来与许孚远会谈具体事宜。但等刘可贤回国时，许孚远已被调离原职，新任福建巡抚沈秱对于策反岛津义久之事没有什么兴趣。而玄龙见许孚远已经离职，也“无语可告”，不肯透露机密，于是沈秱便将玄龙打发回国了。许孚远制定的策反岛津义久的战略，最终以失败告终。（《跨境人员、情报网络、封贡危机：万历朝鲜战争与16世纪末的东亚》）
玄龙的离去，表面上看非常可惜，让许孚远联合岛津家推翻丰臣政权的计划胎死腹中。但事实并没有如此简单，根据岛津家史料《征韩录》的披露，岛津义久亲自将许孚远写的檄文交给了丰臣秀吉，后者看过以后又还给了岛津义久。而在此之前，岛津义久写信给许孚远，表示希望日本与大明“贸易通利”，而这也是根据丰臣秀吉的指示所写的。由此而言，岛津义久不过是秉承丰臣秀吉的意志行事。玄龙作为岛津义久的使者前往大明，实际上并不是代表岛津家和福建地方政府商量除去丰臣秀吉，而是作为日方的间谍人员而来。许孚远向日本派遣了多名间谍，不料丰臣秀吉“以彼之道，还施彼身”。在这点上，许孚远还是低估了丰臣秀吉。