刘綎撤兵
再说回大明境内的情况，原本明神宗在各方的激烈反对下，已经下旨不许封贡，停止与日本谈判。以兵部尚书石星为首的主和派，表面上就此妥协，但实际上仍想另辟蹊径，使朝廷同意封贡，完成与日本的议和。
在此背景下，新经略顾养谦派遣参将胡泽进入朝鲜，以胁迫的方式，逼着朝鲜向明廷上奏，代日本乞求封贡。朝鲜政府不肯配合，胡泽就威胁朝鲜，称朝鲜胆敢拒绝，明朝将召还仅剩的驻朝明军（刘部5000人），将明军的防线收缩到鸭绿江，不再管朝鲜的事情；又进一步威胁称，即便日军再来入侵朝鲜，明朝也不会对朝鲜施以援手。（《宣祖昭敬大王实录》）
在胡泽的威吓下，朝鲜只能稍稍让步，写奏文陈述日军目前在沿海地区没有生事，想向明朝乞求封贡，但只是用叙事口吻，并没有直接代日本向明朝请求封贡。胡泽见朝鲜态度松动，非常高兴，他私自篡改朝鲜的奏表，改成朝鲜代日本向明朝乞求封贡，然后带上朝鲜的陈情使许琐，一同返回辽东复命。（《宣祖昭敬大王修正实录》）
然而就在这期间，顾养谦被罢去经略一职，改由孙矿接替。对于顾养谦离职的原因，存在两种不同的说法。《明史稿·顾养谦传》《宋经略书》记载，顾养谦迫于朝中反对封贡的舆论压力，主动请辞，并推荐孙矿接任。《宣祖昭敬大王修正实录》则记载，顾养谦是因为被弹劾而被革职的。至于新经略孙矿，他在对日方针上，也是“外为讨贼之言，而其中则阴主和谋”（《宋经略书》），实际与宋应昌、顾养谦并无本质区别。
万历二十二年九月，明神宗收到了朝鲜代日本请求封贡的奏文，他为此责怪之前力主反对封贡的那些大臣，又责备石星不能主张大事。在此前提下，明神宗不再坚持禁绝封贡，封贡之议再起。
同月，刘奉明廷之命，开始从朝鲜撤兵回国。之所以撤兵，是因为前经略顾养谦力主尽撤驻朝明军，并得到了明神宗的首肯。虽然顾养谦在九月的时候已经卸任经略一职，但撤兵命令早在好几个月前就已经下达给刘
了。刘
的军队一共有5000人，这批军队撤去以后，明朝在朝鲜就没有留下任何驻军了。临行前，朝鲜国王李昖在王京的慕华馆为刘
践行，他惋惜地对刘
说：“小邦之人，惟大人是仰。今乃撤回，不胜缺然。”
刘以不舍和劝谏的语气对李昖说：“俺亦两年留此，情不忍别也。当归见经略，力陈贵国事情耳。唯愿陛下，更加忧国，以安地方。”
李昖带有遗憾地说：“承此指授，不胜感激。大人若更率大兵，剿除凶贼，济小邦之生灵，立万世之奇勋，不亦伟乎？”
刘感慨道：“士生天地，熟无成功之心哉？古人云：‘雁过留声，人过留名。’俺亦欲树功立业耳。”
李昖令人呈上礼单，想把礼物交给刘，但是被刘
拒绝了，他对李昖说：“俺来此，扰害地方多矣，不以为罪，亦云幸矣。况此馈运，非至一再，心甚未安，决不敢受。”
李昖坚持将礼物交给刘，刘
只勉强接受了砚、弓矢、濑皮。他又劝谏李昖说：“俺得侍殿下久矣，愿献一言：‘亲君子、远小人、明赏罚、宽刑法，此四者，殿下须勉力焉。’”
李昖担心明军全部撤走以后，朝鲜的国防得不到保障，又对刘说：“小邦军兵，皆是不教之卒，不可用于缓急，故敢请天兵耳。”
见李昖提出向明朝请兵的要求，刘表示：“兵则虽十万、二十万，不难调发，而粮饷极难。千里行师，士有饥色，则不可用兵矣。”
刘向李昖反映的，确实是实情。即便明朝调再多兵马来朝鲜，若得不到足够的粮饷支持，那也是白搭，这也是宋应昌、李如松未能一气呵成将日军驱逐出朝鲜的最根本原因。
李昖又问刘：“大人之意，以为发兵几许，可灭此贼耶？？”
刘回答说：“必须十万乃可。”
李昖始终担心明军撤去以后，朝鲜的安全得不到保障，便很委婉地表示希望刘能够留下来：“凶贼畏大人，不敢动矣。今日大人西还，全罗将不守。若失全罗，则大兵虽出来，不及救矣。”
刘当即教李昖如何应付日军：“彼贼每因粮而进。今若再动，则必由全罗路出来。要害之地，按伏邀击，清野以待，可也。”（以上对话出自《宣祖昭敬大王实录》）
这之后，刘与朝鲜国王相互作揖，随后上马离去。明朝在朝鲜的驻兵，至此全部撤回国内。
在刘开始撤兵回国的同月，福建巡按御史刘芳誉收到了福建海商黄加、黄枝、姚明、姚治衢四人从日本带回来的情报。黄加等人在前一年搭乘许豫、史世用的船只到达日本，作为福建巡抚许孚远派去的间谍，他们到丰臣秀吉的住城展开贸易，在那里遇到了一个被掳掠的朝鲜人廉思谨。廉思谨将他知道的倭情写成一封信，交给了黄加等人，然后由黄加等人带回福建，投交给泉州府衙门。廉思谨在信上，透露了沈惟敬曾经向日本人私许和亲的事实：“往年游击将军沈惟敬，进兵朝鲜之时，与倭连和。而送倭之时，约送徐一贯、谢用梓于倭王。倭王与沈惟敬约曰：‘可送大明王女于日本也。若然，则大明王女为倭王妃，而明年不往征，永永天地相好。’”（《宣祖昭敬大王实录》）
刘芳誉获悉这条情报以后大怒，随即上奏明廷。其实早在几个月之前，沈惟敬私许和亲之事，就已经在明朝传播开了，李如松的私塾教师诸龙光掌握到此事与李如松有关，向广东御史唐一鹏揭发，礼部郎中何乔远、吏科林材也先后上疏，为此引发了一场风波。结果兵部尚书石星力保李如松、沈惟敬，诬陷诸龙光。明神宗震怒，认为此事让他很没有颜面，便将没有靠山的诸龙光处死。
而刘芳誉得到的情报，是从被俘虏到日本的朝鲜人那里听来的，与诸龙光的说法对得上，由此可知诸龙光并没有诬告李如松，他是被冤枉的。因此，刘芳誉便据实上奏，希望朝廷能够掌握到沈惟敬向日本人私许和亲的事实，把欺君辱国的石星、宋应昌、李如松、刘黄裳、沈惟敬等人一并判决，公正处理此事。在奏疏中，刘芳誉把话说得很重：
星以握枢大臣，为（沈惟敬）所蒙蔽，而卒乃辱国至此，而欲腆颜就列耶？皇上不即显斥，星亦可以自裁矣。至于经略宋应昌、提督李如松、赞画刘黄裳，其欺君误国之状，诸臣言之甚悉，而皇上未遽处分者，独以和亲之说为无据耳。今有据矣，惟敬何以辞罪？而应昌、如松、黄裳三人又将何以自解者哉？孔明有街亭之败，请贬爵三等。应昌辈，视孔明何如，而有碧蹄之败，又加以和亲之辱。臣谓夺爵不足辜者，顾容其瓦全，不一贬损耶？亦太姑息矣。时闻封贡，已若贼臣惟敬计，必捕之，勿令窥逸，为他日患。（《宣祖昭敬大王实录》）
刘芳誉将宋应昌等人向日本私许和亲的事情与碧蹄馆之败联系起来，认为正是碧蹄馆之战输了以后，明军才出现这种“和亲之辱”。但是刘芳誉的上疏，却没有被上报给明神宗，而是被内阁有意给压了下来。据《万历邸钞》记载，内阁看到刘芳誉的上疏，非常不满。而刘芳誉事后也得到贬职处分，被调任浙江温州知府。从这一事件来看，内阁首辅赵志皋对沈惟敬私许和亲之事无疑是清楚的，但赵志皋与石星一样都是主和派的首脑，他们一直在背后操纵着和谈，对此采取了隐秘的态度，一次次地保护了宋应昌、李如松、沈惟敬等人。