由于朝鲜反对与日本议和，所以当驻朝明军全部从朝鲜撤退回国后，朝鲜备边司出现了讨伐日军的声音。左议政兼三道都体察使尹斗寿主张先讨伐巨济岛的日军，朝鲜朝廷对此表示同意。于是，尹斗寿亲自进驻全罗道南原，将麾下数千兵丁交付给忠清兵使宣居怡，让他进屯庆尚道固城，为进攻巨济岛做准备。接着，他传令都元帅权栗、统制使李舜臣、忠勇将金德龄发兵，水陆夹击巨济岛日军。（《宣祖昭敬大王修正实录》）
万历二十二年九月二十九日，李舜臣发船数十艘[2]，突入巨济岛的场门浦倭营，用“大铁炮”“石火矢”[3]攻击日军阵地。屯驻在场门浦倭营的日军将领是福岛正则、户田胜隆、来岛通之、来岛通总，他们面对来袭的朝鲜水军，只是在岸上占据险要之地，“高设楼阁，筑垒两峰”，不敢轻易下海抵抗。此时，日将岛津义弘屯驻在巨济岛的永登浦，他得知场门浦倭营受到攻击后，派遣部将伊集院抱节前去支援。但之后发生了什么，日本史料与朝鲜史料分歧巨大。
据李舜臣的《乱中日记》记载，朝鲜水军打败2艘日军先锋船后，船上日军纷纷逃到陆上，剩下的空船被朝鲜水军撞破后焚毁。之后，李舜臣退兵到漆川梁，整晚在此结阵。而岛津家史料《征韩录》的说法与此有很大的出入。该书记载，伊集院抱节与福岛正则、户田胜隆等组成联军，一同迎击朝鲜水军。福岛正则亲自下海，烧毁了一艘搁浅在岸滩的朝鲜大船，并烧杀了许多朝鲜士兵，其余朝鲜船只见状，纷纷掉头逃跑。两相对比，朝鲜史料认为日军不敢迎战，被李舜臣烧了空船；而日本史料则认为福岛正则烧了朝鲜战船，朝鲜水军逃窜。这成了双方最大的差异点。
十月一日早上，李舜臣从漆川梁发船，会同庆尚道右水使元均、全罗道右水使李亿祺、忠清道水使李纯信，再抵场门浦。四人在此分兵，元均、李亿祺留在场门浦的前洋，李舜臣与李纯信以及先锋诸将进击岛津义弘屯驻的永登浦。这之后发生了什么？朝鲜史料与日本史料的说法较为统一。
李舜臣的《乱中日记》记载，岛津义弘把船停泊在码头，不敢迎击朝鲜水军，两军没有发生交战。岛津家史料《征韩录》说，数十艘朝鲜战船载着“大铁炮”“石火矢”袭向岛津阵地。岛津义弘虽然想要歼灭朝鲜水军，让对方一艘船也不剩下，但对方在午后就退兵了。换句话说，两军实际上并没有真正爆发冲突，只不过各自表述不同而已。
与岛津义弘一番对峙后，李舜臣在日暮时分退兵回到了场门浦。据《乱中日记》记载，李舜臣回到场门浦以后，发生了这样的一件事情。
朝鲜水军的蛇渡二号船停泊在岸边，日军的2艘小船急遽接近，对蛇渡二号船投以火把，将该船烧毁了。朝鲜水军未能及时扑灭火势，眼睁睁地看着蛇渡二号船被焚毁，李舜臣痛心疾首，狠狠责罚了蛇渡军官。二更时分，朝鲜水军退兵到漆川梁。
《乱中日记》的这个记载，与《征韩录》里福岛正则焚毁一艘朝鲜大船的记载高度重合，可以判定是一件事情。但《征韩录》将焚船日期记成了九月二十九日，而《乱中日记》则记载这一事件发生在十月一日。由于《乱中日记》是李舜臣写的日记，属于一手史料，而《征韩录》成书时间较晚，因此前者的可信度更高。《征韩录》应是将日军焚毁朝鲜大船的时间给记错了。换言之，在九月二十九日，福岛正则等人始终不敢迎击李舜臣，还被李舜臣烧毁了2艘先锋船只。但《征韩录》玩了移花接木的手法，让人以为福岛正则在得到岛津义弘派出的援兵后，反而打跑了李舜臣。
十月一日之后，朝鲜水军和日军的交战经过，在日本史料里便没有了记载，只见于朝鲜史料。而朝鲜史料的说法存在多种版本，不过大致可以分为三套说辞，分别出自李舜臣的日记、元均的战报与官方实录。
首先是十二月二日的动向。《乱中日记》记载，李舜臣派遣30艘先锋船只，前去侦察场门浦日军的动向，之后很快退了回来。然而在元均的战报里，这一天并没有如此平静，而是发生了激战。战报上说，十二月二日天刚亮，朝鲜水军与日军在场门浦交战，日军屯聚于三处高峰，大张旗帜，对朝鲜水军乱放铁炮。朝鲜将士慷慨赴战，激战了整整一天，直到天黑才退却，结阵于外咤浦。
接着是十月三日的动向。《乱中日记》记载，李舜臣亲自率领诸将，一早就来到场门浦，与日军相战终日。日军畏惧，不敢出抗。日暮，李舜臣率领诸将退兵到漆川梁，整晚在此结阵。
相比李舜臣的日记，元均的战报对这天的战况记载要详细很多。战报上说，朝鲜水军全部出动，列立于场门浦江口，先使先锋迫近场门浦城，向日军挑衅。日军在岸上，远远地躲避朝鲜军射出的箭镞、扔出的石头，他们有人躲藏在城内，有人在城外挖坑藏了进去。日军躲在城里、战壕里，对朝鲜水军放铁炮、大炮，炮丸“大如手拳”，远至300余步，非常凶猛。元均看见靠近海岸的一处日军阵地堆积了很多马草，便挑选精锐，放箭驱逐了守卫该地的日军，将其尽数焚毁，火势蔓延很大。但因为日军躲在岸上，不下海与朝鲜水军决战，朝鲜水军无计可施，元均感到极为痛愤。战后，元均与统制使李舜臣、义兵将领郭再祐、忠勇将金德龄商议，决定水陆合攻场门浦，陆上由15名巨济射手作为向导，元均再将他麾下可堪陆战的31名战士配置给郭再祐，听他号令。
对于这一天的战况，元均的战报相比李舜臣的日记更加写实，在其记述中，日军坚守岸上的阵地，以火器回击朝鲜军，令朝鲜水军无计可施。李舜臣的日记在文辞上显得矛盾，如果日军不敢出抗，又怎么可能与朝鲜水军相战终日呢？
接着是十月四日的动向。《乱中日记》记载，李舜臣与郭再祐、金德龄相议后，挑选出数百士兵登陆场门浦，他们爬上山头，来回挑衅日军。李舜臣率领中军进迫场门浦，水陆呼应，日军仓皇失措，东奔西走。突然，登陆的朝鲜水军见到一个日军士兵气势汹汹地挥动着日本刀，于是急匆匆地退回到了船里。日暮时分，李舜臣退兵回到漆川梁。
李舜臣的日记，不仅语焉不详，而且显得有些底气不足。元均的战报，则补充李舜臣日记里没有的细节。战报上是这么说的，卯时，朝鲜水军驾船突入场门浦贼巢，一些人放明火飞箭，一些人放玄字铳筒、胜字铳筒，以挑衅日军。朝鲜水军又分派精锐前往永登浦的岛津义弘驻地，以示冲东击西之状，绝其相援之路。但日军坚壁不出，朝鲜水军无法将其歼灭，元均感到不胜痛愤。
仔细对比李舜臣的日记和元均的战报，会发现有矛盾之处。《乱中日记》说在朝鲜水军的打击下，日军仓皇失措、东奔西走；而元均的战报则说日军坚壁不出，没有提及日军惊慌逃窜的情况。而根据朝鲜官方史料《宣祖昭敬大王修正实录》的记载，朝鲜军在这一天打的完全是一场败仗：
（尹）斗寿驻南原，以麾下兵数千付宣居怡，领率进屯固城。传令都元帅（权栗）、统制使（李舜臣）、忠勇将（金德龄）水陆夹攻巨济贼。贼依山设险，诸军乘舟入岛。金德龄等率勇士居前，贼乘高放丸，德龄军仰攻，多中丸。居怡等诸将皆退，德龄收队而归。
接着是十月五日的动向。根据《乱中日记》的记载，李舜臣在这一天已经在起草战报了，之后没有发生战事。元均的战报，也说这一天休兵，没有打仗。
再接着，就是十月六日的动向。《乱中日记》记载，李舜臣派遣先锋船只，再次前往场门浦，只见日本人在地上插着牌子，上面写着“日本与大明方和睦，不可相战”。之后，就没有朝鲜水军与日军相战的后文了。
而元均的战报则提到朝鲜水军在这一天仍然与日军相战，战报上说，朝鲜水军的4艘斥候船行进到巨济岛的吾非咤浦，望见2艘倭船，便挥动旗帜邀战。船上一半的日军已经登陆上岸，那些留守的日军见朝鲜船只杀了过来，纷纷跳水逃命。斥候船上的将领元士雄、曹俊彪、金希进协力攒射落水日军，使许多日军士兵负伤。但先前已经下船的30名日军士兵手持铁炮来援，最终使落水日军逃脱而去。最后，朝鲜斥候船缴获了2艘倭船上的橹楫、莫风席、水桶、镰斧，然后放火烧毁了倭船。
笔者认为，李舜臣的日记和元均的战报关于这天的记载并没有矛盾之处，因为他们记录的活动区域不同。李舜臣记录的是派遣先锋船只再往场门浦，而元均记录的是4艘侦察船在巨济岛的吾非咤浦遭遇2艘倭船。
最后是十月七日的动向。《乱中日记》记载，宣居怡、郭再祐、金德龄等人从漆川梁退兵，李舜臣留在原地未退，没有任何交战的记载。不过，元均的战报记载这一天发生了战斗。战报上说，朝鲜斥候船再次来到巨济岛的吾非咤浦，看见五六名日军士兵在海岸边彷徨，若有所失。观察到这个情况后，朝鲜战士从船上下来，登陆追逐这几名日军士兵，对其弯弓射箭。这几名日军士兵吓得逃到了山谷中，其中有一名士兵来不及逃走，他解下佩刀，向朝鲜士兵投降了。
李舜臣的日记和元均的战报，在这一天的记录上，虽然说法各一，但依然没有任何矛盾之处，因为他们记录的活动空间还是不同的。
十月七日以后，朝鲜水军就没有与日军交战的记载了。十月八日，李舜臣从漆川梁退兵到闲山岛，结束了这次战役。
朝鲜水军发起场门浦、永登浦海战，本意是打掉这两个在他们看来最容易得手的日军据点，但是最后并没有成功，从战略目标上来说是以失败告终的。而从战术角度来说，在十月四日的永登浦海战中，李舜臣、郭再祐等朝鲜将领确实败给了福岛正则等人。无论从战术角度还是从战略角度来说，朝鲜水军发起的场门浦、永登浦海战都是失败的。战后，司谏院、司宪府弹劾主张发动这场战役的尹斗寿，使他被革职了。场门浦、永登浦海战的失败，也充分说明仅仅凭借朝鲜自己的力量，是断然无法将日军驱逐的。