实际上，在小西行长与金应瑞展开咸安会谈两个月之前的十月二十三日，明朝兵部尚书石星已经向明神宗上奏，请求对日本进行册封，以示诚信。
石星担心，如若再不册封日本，就难以对日本起到约束作用，日军将会攻陷朝鲜全罗道，然后祸及辽东，而明朝此时已经兵疲力竭，粮饷也不够了，此时接战隐患很大。如果日军生事，“辽左以残破之余，虏乘其内，倭攻其外，其何以支？又况海内兵端屡动，无处无患，所在兵疲饷竭，无一堪恃”（《明神宗实录》）。
对于石星的上疏，明神宗表示同意。也就是说，明朝经过长期的封贡论战，最终决定册封日本，但是不准通贡。总体上，明朝只想通过册封丰臣秀吉为“日本国王”，以虚名羁縻住日本，而始终没有同意通贡，以避免日本借“通贡”之名骚扰东南沿海。
十一月五日，兵部尚书石星再次向明神宗上奏，声称既然圣旨已经下令许封，便令游击姚洪前往辽阳，将内藤如安带入北京；又令游击陈云鸿、沈嘉旺一同前往釜山，宣谕小西行长尽快从朝鲜退兵，等待明朝封使抵达日本。（《明神宗实录》）
十二月，内阁大学士赵志皋向明神宗上奏，称日本使者小西飞（内藤如安）将来朝见，请皇上亲自上朝听政，“百官侍班，甲士修列，庶体统肃而朝廷尊”。但明神宗认为还有必要核实日本人请求册封的真伪，他向兵部指示道：
一、仔细研究丰臣秀吉为何出兵侵略朝鲜，并在战败以后，屯驻在釜山不退，而今又遣使请封。
二、宣谕小西行长，不许留在釜山，倭夷尽还本国，将所造房屋全部烧毁。
三、宣谕朝鲜，等倭夷尽数回国后，遣使上奏。
四、小西飞抵达北京以后，兵部在紫禁城太和殿前左方位置的体仁阁向他问话，之后将其所答内容上奏，再决定是否册封。（《明神宗实录》）
十二月七日，滞留在辽东已经将近一年半的内藤如安，终于抵达北京。十一日，内藤如安前往鸿胪寺，学习参见明神宗的礼仪；十四日，朝见明神宗。朝见完毕以后，内藤如安被兵部官员带到仁和殿，责令他签一份承诺书，答应三件事：
一、朝廷准许册封以后，釜山倭众一概不许滞留朝鲜，也不许待在对马岛，应全部撤兵回到日本本土。
二、册封以后，日本不得再向明朝提出通贡的要求。
三、日本与朝鲜修复关系，同为明朝属国，不得再侵犯朝鲜。
兵部提出的这三个议和条件，被称作《原约三事》，与当初丰臣秀吉向明朝提出的《大明日本和平条件》南辕北辙。之所以出现这种局面，明、日双方都有原因。首先，在一线与明朝进行议的小西行长，只是强调明朝完成册封、准贡这两件事，没要求明朝履行《大明和平日本条件》的全部条款。事实上，包括通贡在内，小西行长确实曾就《大明日本和平条件》中提及的通婚、割地、通贡这三个条件与沈惟敬展开过谈判，但通婚、割地的要求最后都不了了之了，小西行长只坚持实现册封、通贡。其次，石星、宋应昌、李如松、顾养谦等主和派势力，一直在隐瞒《大明日本和平条件》的存在，巧妙地利用小西行长坚持实现封贡这一要求展开议和谈判，想借此使日本退兵。
在这种情况下，小西行长对实现册封、准贡的追求十分执着。同年十二月，小西行长与庆尚道右兵使金应瑞在咸安会谈时，仍在竭力促成封贡。但是明朝内部在封贡问题上存在极大争议，经过妥协，最后确定了“许封不许贡”的方针。
作为小西行长的使者，内藤如安的使命是来北京乞封、求贡。但这时候，兵部强硬地表示允许册封，不许通贡。对此，内藤如安表示接受，亲自写了保证书。没有直接证据显示是小西行长指示内藤如安这么做的，内藤如安之所以妥协，恐怕是此时除了遵守兵部的约束以外，没有更好的选择。
十二月二十日，兵部尚书石星会同内阁大学士赵志皋、定国公徐文壁、礼部尚书孙丕扬、科道官等，一同聚集在体仁阁，询问内藤如安请封始末。
问话开始后，石星等人向内藤如安提出了第一个问题：“朝鲜是天朝的恭顺属国，你们关白为何前年无缘无故发兵侵犯？”
内藤如安沿用小西行长、宗义智此前一贯捏造的陈腔滥调，回答道：“日本请求天朝册封，曾让朝鲜代为向天朝请示。但是朝鲜隐瞒不报，欺骗了日本整整三年，又把日本人骗去杀害，所以举兵。”
石星等人提出第二个问题：“日本既有求封之意，只要通好朝鲜，令其转奏天朝就好，为何举兵相犯？”
内藤如安不答。
石星等人提出第三个问题：“朝鲜告急，天兵救援，你们应该归顺，为何抗拒？以致天兵有平壤、开城、碧蹄馆之败。”
内藤如安回答说：“日本兵原驻平壤，向天朝请求册封，只想要归顺天朝，并无犯天朝之意。万历二十年七月十五日的晚上，见天朝兵马杀向平壤（祖承训与日军的第一次平壤之战），日军才不得已接战。八月二十九日，行长与沈游击在乾伏山麓相会，约定退出平壤，但没想到天朝老爷不讲信用，在去年正月初六领兵攻城（李如松与日军的第二次平壤之战），杀死、打伤了很多日军士兵。碧蹄馆之战也是天兵追杀日军，杀了很多日本人，日军不得已退到王京反抗。”
石星等人提出第四个问题：“后来因为什么原因从王京退兵，还送回了朝鲜王子、陪臣？”
内藤如安回答：“因为听到沈游击说天朝答应册封日本，又听说70万天兵已到，因此连夜退兵，送还王子、陪臣，又送还了朝鲜七道。”
石星等人提出第五个问题：“既然从王京退兵，又送还王子、陪臣，为什么还要进犯晋州？”
内藤如安胡扯一通，回答道：“晋州的事情是这样，原先有朝鲜人去日本，遇到了加藤清正、黑田长政的兵马，并杀死了他们，所以晋州这次遭到了报复。但后来日军一见到天兵，就退兵了。”
石星等人提出第六个问题：“约定三事尽从，才可册封你等。你回去告诉行长：第一，即刻令倭人从朝鲜撤走、房屋尽毁；第二，不再进犯朝鲜；第三，不再别求贡市。你能保证行长全部听从吗？”
内藤如安回答道：“行长有禀帖上呈孙总督（孙矿），一一听命，不敢有违。此等大事，秀吉命令行长传达，行长命令小的传达，方敢如此回答，定无反复。”
石星等人提出第七个问题：“现在行长请封，而清正不请。万一清正不肯服输，那该怎么办？”
内藤如安不答。
石星等人提出第八个问题：“你等虽然一时遵守约定，但时间一久，能保证不生他变吗？你若现在订立盟誓，即可答应册封你等。”
内藤如安信誓旦旦地回答道：“天朝问话，我方才所答，‘册封后不敢求贡、不敢再犯朝鲜、撤兵尽数归国’，如果有一个字是谎话，那关白秀吉、行长，还有我自己，就全部都不得善终，断子绝孙。苍天在上，鉴之鉴之。”
一语成谶，内藤如安说的话，后来竟然全部成为事实。
石星等人提出第九个问题：“你既然保证永无他变，那你现在就订立盟誓，方可准封。”
内藤如安不敢私自订盟，所以没有回答。
石星等人提出第十个问题：“我成祖文皇帝（朱棣）在位时，曾赐日本玉道、金印，封源道义（足利义满）为日本国王。他有子孙吗？金印还在吗？”
内藤如安再次胡扯，回答道：“在日本称王者，有源姓、橘姓、平姓、秦姓。16年前被信长杀死的日本国王，是秦姓的子孙。金印的事情，没有听说过。”
石星等人提出第十一个问题：“秀吉原来是信长的部下，信长对他有知遇之恩，但他却篡夺了信长之位。能保证日本以后真的不再侵犯朝鲜了？”
内藤如安替秀吉辩白道：“情况不是这样的。其实是信长篡夺了日本国王之位，因此被部将明智光秀杀死。现今关白丰臣秀吉，当时是摄津守，他率领信长手下诸将，兴义兵，杀光秀，统一日本六十六州。如果没有秀吉平定诸州，那日本百姓至今还不得安生。信长杀国王，光秀杀信长，秀吉杀光秀，都是16年前的事情了。”
石星等人提出第十二个问题：“平秀吉既然已经平定了六十六岛，便可自立为王，为何又来天朝请封？”
内藤如安回答道：“秀吉因是杀了光秀，又见朝鲜有天朝封号，人心安服，所以特来请封。”
石星等人提出第十三个问题：“日本既称天皇，为何又称国王？天皇就是国王吗？”
内藤如安继续胡扯道：“天皇就是国王，被信长杀死了。”
石星等人直接无视内藤如安的这一说辞，继续问他：“日本既有天皇，今立关白为王，将天皇置于何地？”
内藤如安这次不知应该如何回答，只好沉默不语。
虽然如此，但石星等人还是决定奏请朝廷册封日本，但他们同时告诉内藤如安，这是有条件的：“既然如此，当奏皇上，请封尔等。你应当写信，派人送交给行长，让他速回日本通报关白，准备好册封使渡海的船只、馆舍。如果礼仪做得不到位，仍然不能答应你提出的册封要求。”
内藤如安毕恭毕敬地回答道：“等候已久，件件不敢有违天朝命令。沈游击到釜山之日，日本军就渡海回家。行长专为等候天朝使者，天使一到就退。”
石星等人提出了最后一个问题：“既然来请封，为什么釜山还在运粮造房？想必是有别的意思吧。”
内藤如安回答道：“运量造房，只是为了等候天朝使者，没有别的意思。天使一到，就全部烧毁。”（以上对话出自《经略复国要编》）
谈话至此，问话结束。从兵部与内藤如安的问答中可以看出，内藤如安的回答多是信口胡言，充满破绽，与事实大有出入。但让人感到奇怪的是，兵部竟然也不予深究，最后还向内藤如安做出了册封的承诺。对于其中缘由，明朝人诸葛元声认为存在内情，他在《两朝平攘录》中写道：“本部事事装饰，岂不能预教如安为此恭顺语乎？”
按照诸葛元声的解释，兵部事事欺瞒掩饰，事先就已经教内藤如安该如何应答。如果真的是这样，那么兵部的目的，自然是想通过内藤如安的“恭顺语”，顺理成章地使明朝完成册封，争取用和平手段结束与日本的战争，让日本人退出朝鲜。据此，郑学稼先生在《日本史》一书中指出：“石星何以敢冒欺君之险，那为着他身掌兵符，知明朝的力量无法作长久之战，希望早日和平。这些人们，由各种动机与目的，遂联合演一大骗局。”
换言之，以兵部尚书石星为首的明朝主和派，为了促成议和，不惜串通内藤如安，亲自导演了一场欺骗朝廷的骗局。在这样的背景下，明神宗最终同意册封丰臣秀吉为日本国王，并准备对部分日方人员进行册封：授小西行长、宇喜多秀家、增田长盛、石田三成、大谷吉继、德川家康、毛利辉元、羽柴秀保都督佥事一职，赏赐衣帽给日本禅师景辙玄苏，内藤如安另行打赏。（《明神宗实录》）同时，明神宗下令制作册封丰臣秀吉所需的诰命、冠服、金印等，并任命临淮候勋卫署都督佥事李宗城为册封正使，五军营右副将署都督佥事杨方亨为册封副使，让他们出使日本进行册封。
至此，明朝已同意册封，但是只同意了小西行长要求的“封贡”中的“封”，而没有“贡”。对于丰臣秀吉在《大明日本和平条件》中提出的那些苛刻条件，更是全然没有提及。明朝与日本的议和，最终能否实现，还存在很大的疑问。正如德富猪一郎在《近世日本国民史·朝鲜役》中所作的比喻那样，丰臣秀吉向明朝索要的是“面包”，明朝却给了他一块“石头”。
十二月二十五日，朝鲜军官李谦受再次前往加藤清正的营地进行谈判。负责与李谦受交涉的是加藤军中的两名僧人在田、天祐，他们明确告诉李谦受，仅仅凭借册封就想让丰臣秀吉收兵，那是不可能的：“天朝之许封虽美，于关白之心，不好奈何？前五条内，有一事成之，则必合于关白之心。不然则虽有许封事，何关于我哉？”
在田、天祐明确指出，丰臣秀吉的底线是实现《大明日本和平条件》中的一个要求，否则即便天朝应允册封，日军也难以从朝鲜撤兵。随后，在田、天祐要求朝鲜方面将王子顺和君和陪臣二三人送到日本做人质，声称朝鲜在履行这一条件后，日本就会与朝鲜实现议和。作为对等的交换条件，加藤清正愿意将他自己的儿子送到朝鲜作为人质。在田、天祐一再强调，如果不履行这一要求，无论出千百条良策，议和之事也难以达成。但是这一条件，显然是不可能被朝鲜接受的，双方最终没有谈拢。（《奋忠纾难录》）这时，日本从朝鲜撤军的唯一希望，就完全寄托在丰臣秀吉能否接受明朝的册封，放弃其他要求了。
注解：
[1] 李舜臣原任全罗道左水使，自万历二十一年起兼任忠清、全罗、庆尚三道水军统制使。
[2] 此据《征韩录》。《岛津国史》作大小二百余艘。
[3] 此据《征韩录》。《岛津国史》作铁炮、佛郎机。