丰臣秀吉的再侵部署
万历二十四年十二月，岛津义弘遵照丰臣秀吉的指示，制定好了再次出兵朝鲜的军事动员名单。根据《岛津家文书》的记载，岛津家的兵种构成、人数、运兵船种类、运马船种类、船只数量如下所示：
兵种 骑侍人数 总数 1020石骑侍（拥有1020石封地的骑马武士） 95人（每人带33名随从） 3230人 510石骑侍（拥有510石封地的骑马武士） 24人（每人带16名随从） 408人 300石骑侍（拥有300石封地的骑马武士） 143人（每人带9名随从） 1430人 徒步小侍众（下级步兵武士） — 300人 前者的夫丸（徒步小侍众的民夫） — 900人 无足众（类似足轻的低级武士） — 500人 前者的夫丸（无足众的民夫） — 1000人 御道具众（持长柄枪的骑马武士） — 665人 御藏入夫丸（辎重队） — 2000人 加子（水手） — 2000人 上述总人数 262人 12433人 岛津以久 9人 332人 伊集院忠栋 69人 2332人 总马匹（另有10匹） — 350匹 全军总人数 340人 15097人万历二十五年（日本庆长二年，1597年）正月，日军先锋加藤清正、丰茂守（锅岛直茂的部将）率先渡海至朝鲜，分别登陆庆尚道的多大浦、竹岛，揭开了日军再次侵朝的序幕。加藤清正出兵之前，与其关系不睦的小西行长派遣要时罗去见朝鲜通信使黄慎，再次向他输送军事情报，透露了加藤清正的兵力、出兵日期、进兵路线，指导朝鲜应在哪处水路预先埋伏，以求在海路上歼灭加藤清正。但是朝鲜三道水军统制使李舜臣怀疑小西行长的情报有诈，借故不肯出兵。
由于李舜臣拒绝采纳小西行长的建议与情报，加藤清正顺利在庆尚道多大浦登陆，为此李舜臣被朝鲜朝廷下狱革职。之后元均代替李舜臣，升任三道水军统制使。后来的一些朝鲜史书，为了替李舜臣推脱责任，将其塑造成完美形象，就将小西行长输送情报一事进行曲解，说成小西行长与加藤清正联合设下反间计，目的是使李舜臣被罢职，消除日军在海路上的威胁。事实上，确实是因为李舜臣无视小西行长送出的情报，没有及时在海路上堵截加藤清正，才造成了加藤清正顺利登陆。
二月二十一日，丰臣秀吉开始制定第二次出兵侵略朝鲜的具体部署，他决定任命小早川秀秋为侵朝总大将，坐镇日本在朝鲜的大后方——釜山浦。而朝鲜庆尚道沿海地区，丰臣秀吉同样安排了部队留守，其中立花宗茂留守安骨浦，高桥统增、筑紫广门留守加德岛，小早川秀包留守金海竹岛，浅野幸长守西生浦。此外，日军第一军团至第八军团依次进兵朝鲜，熊谷直盛、早川长政、垣见一直、毛利重政、毛利高政、竹中重利、太田一吉七人作为军监，监督前线诸将。他们每天都要记录下“殿最”[5]，不得有所欺瞒，并将战报送于釜山浦。寺泽正成在朝鲜釜山浦与日本壹岐岛、对马岛、名护屋之间设置了联络用的船只，以便将前线战报送到秀吉手中。
根据丰臣秀吉的安排，日军的具体编制如下所示：
此外，丰臣秀吉又制定了以下军令，要求诸将遵守：
一、军必营于野，攻伐必议于众。务采群言，勿以偏见私说破之。
二、赤国（全罗道）悉收而施治，青国（忠清道）以下随宜进取。
三、军须有舟师，以四国众、菅平右卫门及诸队巡逻船编成，藤堂佐渡守（藤堂高虎）、加藤左马助（加藤嘉明）、胁坂中务少辅（胁坂安治）监之。
四、所取城堡，严设守备。诸将功过，必随报赏罚。
五、明国或发大兵，出朝鲜王城五六日程而张阵，必速报告。我单骑航海剿之，单骑直入明国。（《旧记杂录后编》《高山公实录》《筑紫家古文》）
部署军队、制定军令后，丰臣秀吉原本打算立即发兵渡海，但是小西行长、锅岛直茂等日军将领因为严重的厌战情绪，罗织谎言，欺骗丰臣秀吉说：“朝鲜，今则兵马精强，舟楫甚盛。虽我国之力，恐不能轻当，此非细事。起兵战斗之事，斟酌为之。”
丰臣秀吉听到朝鲜军队变得非常强大后，不似当年那样意气风发、目中无人，他产生了犹豫，暂时停止了发动大兵的打算。（《宣祖昭敬大王实录》）其余将领也都不想再战，纷纷找难处向丰臣秀吉推脱，于是日军大举渡海的计划就暂时搁置了下来。由此可见，丰臣秀吉的雄心壮志，已经大不如前了。