和谈破裂后，日本再次出兵侵朝已经不可避免。朝鲜国王李昖为此任命参赞官郑期远为告急请兵奏闻使，派他出使大明，讨要救兵。万历二十五年正月十八日，郑期远历经长途跋涉，终于到达北京。
郑期远非常急切地向明朝兵部报告：明朝与日本的和谈已经破裂，日本准备再次出兵侵略朝鲜。但是主和的兵部反应冷淡，回复说：“这次上奏，说的是去年十一月以前的事情，当时天朝册封使还没有从日本回来，日本因为朝鲜派去的官员职位很低，礼物又很微薄，所以不肯接受，仍有‘索要朝鲜王子’等话。今杨方亨奏报：‘封事已经告竣，只是日本还在责备朝鲜的礼仪。’兵部已经就此问题进行过讨论，并令沈惟敬进行调解了。至于说请兵相救，应该让朝鲜自己防备，不要总是依赖天朝救援。”（《明神宗实录》）
兵部的态度，让郑期远非常难过，他一边痛哭，一边求援。二月五日，明神宗为此下令廷臣召开会议，商讨对策。恰逢辽东副总兵马栋传来急报：倭将加藤清正在正月十四日率领200多艘兵船登陆朝鲜，在原驻地机张营驻扎。没过多久，又传来塘报：倭贼已夺取朝鲜庆尚道的梁山，驱逐了梁山太守。
这些情报，证明郑期远所说不假，明朝与日本的和谈确实已经告破，日本在接受大明的册封之后，不但不从朝鲜撤兵，反而再次出兵朝鲜。给事中徐成楚根据马栋的情报，判断一艘倭船上至少有100人，200多艘倭船登陆朝鲜，应该有2万多人，势不容缓，应当早图防御事宜。（《明神宗实录》）
此后，科臣蔡思穆、郑汝璧、张文华、吴文梓、周孔教、姚文蔚、张辅之、杨应文等人先后向明神宗上本，认为应当罢去册封典礼（但当时丰臣秀吉已经接受明朝册封，成为日本国王了），又指出兵部尚书石星误国，经略孙矿处事不当，需对和谈失败负主要责任，请求将二人削职，遣返回籍。其中，周孔教的奏本指出，日军这次出兵的目的恐怕不在朝鲜，而在大明。他言辞激烈，把话说得最狠，指出兵部尚书石星犯下了八条欺君之罪：
一、石星上奏倭人全部撤离朝鲜，朝廷方许册封使渡海至日本，现在册封使已从日本回来，日军却有增无减。
二、石星报告清正已被杀死，但现在清正却领兵来犯朝鲜。
三、石星上奏称：“册封之后，不许日本再侵犯朝鲜。”但现在册封使还没有回国，200多艘倭船就已经停泊在朝鲜了，还夺取了庆尚道的梁山。
四、前一年六月，石星使家人张行潜入倭营，直至十二月才回来。传闻他以金帛珍宝，私自贿赂倭人。其中内情，真不可晓。
五、前一年十二月，石星又伪造一纸关白谢恩表，交给给事中徐成楚。但徐成楚说，这份表文没有年月，必然是伪表。今据辽东巡按李思孝奏报，原本就没有谢表。
六、石星明明知道倭人在册封以后没派出谢恩使，但又害怕皇上谴责，于是编造谎言上奏说：“不必来谢，免生滋扰。”那当年内藤如安来北京的时候，就没有造成骚扰了？要不是皇上察觉其奸情，责令倭人派出谢恩使来致谢，那么小小的伪表，就会从杨方亨的袖口中取出来上呈了。
七、倭酋声称兴兵是要入犯我大明，石星却故意上奏说，日本是想成为大明属国。但试问有哪个属国是不遵从约束的？
八、石星明明知道关白想要的是朝鲜的土地，但他却故意上奏说关白只是责备朝鲜的礼仪。试问关白是有多关注朝鲜的礼仪，以至于耗费10年训练兵马，5年坚守釜山而不退？
周孔教又指出石星犯下了五条误国之罪，并一一列给明神宗看：
一、第二次平壤之战后，倭人已经退守王京。当时无论讲不讲和，倭人都会从王京退去。而石星竟然相信沈惟敬的奸邪之说，答应了倭人提出的七个议和条件，堕入倭人的奸谋之中，祸患延续至今。
二、先前如果不撤去留守在朝鲜的浙江、四川戍兵，朝鲜尚且有所倚仗，但是石星却撤了戍兵，以献媚倭人。现在倭人再侵朝鲜，远水可救近火吗？
三、当初李宗城弃印而逃以后，倭情就已经暴露了，但石星仍然一意主和。
四、倭人的马非常矮小，石星却以500匹马献给倭人，不知道他的意图是什么？
五、从讨论册封问题开始，倭人便日日练兵，修缮军器，显然是养精蓄锐，伺机挑衅；而我方则不断撤兵，疏于防备，拱手待敌。
周孔教总结了石星的“八欺五误”后，又急切地要求明神宗罢免石星：“石星有此八欺，又有五误，从此东南半壁，就要纷扰多事了！陛下何曾有负于石星，而石星居然如此负于陛下！真可痛恨……石星已经做了很多错事，败局已现，国家大计，岂堪一再失误……陛下又何必珍重如此爱说谎的人，以误大事！跪求皇上英明圣断，将石星交给司法衙门论罪，再挑选文武大臣一员，代管兵部之事，急修战守，添置将吏。沿海某处为紧要当防，沿海某官忠勇可依，都要一一留意，那样就可以巩固内部防卫，以绝外侮了……”（《明神宗实录》）
此时，明神宗认识到对日和谈已经彻底失败了。朝鲜是大明的门庭，日本再次出兵朝鲜，必将直接威胁到大明，大明不可坐视不管。于是，他任命延绥等处总兵官署都督同知麻贵，充任备倭总兵官，再度准备抗日援朝。与之相对的，兵部尚书石星和经略孙矿因此失势，双双被革职了。
三月十五日，明神宗提拔山东右参政杨镐为都察院右佥都御史，经理朝鲜军务。三月十九日，又升兵部左侍郎邢玠为兵部尚书，兼任都察院右伏都御史，总督蓟辽、保定军务，兼理粮饷、经略御倭。通过这几次任命，邢玠、杨镐、麻贵三人成为这次御倭的最高指挥官，三人分别被简称为经略、经理、都督。级别上，邢玠最高，节制杨镐和麻贵。
同月，明军副总兵杨元率领3000余名辽兵向朝鲜进发，于五月八日进入朝鲜都城王京，成为最早一批进入朝鲜的明军部队。朝鲜国王李昖在慕华馆迎接杨元，并行了迎慰礼。杨元很关心朝鲜的国防，他一来就向李昖询问，哪里是抵御日军的紧要之处，他可领兵进驻。李昖请求杨元驻守全罗道南原，说这里便于骑兵驰骋。杨元很爽快地答应了，随即领兵向南原进发。（《事大文轨》）
这之后，明军副总兵吴惟忠于五月九日左右渡过鸭绿江，提督麻贵也于五月十八日渡过鸭绿江，两支队伍先后进入朝鲜。但是他们带来的兵力都不多，吴惟忠只带了4000余名南兵，麻贵更是只带了3000多人。加上杨元带来的兵力，总共不过1万多人。
五月，杨元的中军李新芳与朝鲜派来接待杨元的接待使郑期远，先行到达全罗道南原。李新芳传达杨元的命令，使全罗道的巡查使紧急召集列邑军卒，修筑南原城的城墙，使此城比以前还要高耸、坚固。
南原城北面2公里多的地方，有一座山城，名叫蛟龙山城。由于朝鲜军队在过去与日军的战斗中，曾多次依靠山城击退日军，所以郑期远与接伴使闵浚、南原府使任弦等朝鲜官员想让明军放弃南原城，修筑并固守蛟龙山城，或者让明军同时固守南原城、蛟龙山城。
六月十四日，杨元亲自领兵进入南原城，郑期远与闵浚、任弦前去迎拜杨元，趁机向他提议放弃南原城，修筑蛟龙山城；如若不可，则同时兼守二城。但是杨元直接拒绝了郑期远等人的提议，并打算将蛟龙山城的军器、粮食全部搬入南原城，又狠狠地指责了郑期远等人。杨元只想全力固守南原城并避免与日军正面交战，不想再分心防守蛟龙山城，以免士兵、百姓人心涣散，不知坚守何处。
杨元的指责，让郑期远等人很不痛快，他们认为杨元不等朝鲜朝廷指挥，又不和朝鲜的诸位体察使、都元帅商量，就想贸然将蛟龙山城的军器、粮食全部移入南原城，直接弃守蛟龙山城，过于自作主张。他们又担心，万一把蛟龙山城的军器、粮食全运到南原城，一旦来袭的日军攻下南原城，杨元肯定会逃到城外，那无疑是把聚在一处的军器、粮食白白让给了日军。
郑期远等人劝不了杨元，无法使他回心转意，只好偷偷向朝鲜备边司告状，希望能让杨元改变主意。朝鲜备边司又向朝鲜国王李昖上奏，请求让全罗道巡查使、都元帅与杨元从长计议，同时兼守二城，以作掎角之势。对此，李昖表示同意，只是此事之后就没有了下文，最终不了了之。
而杨元到了南原以后，还有一件事要着急处理，那就是拘捕明朝册封副使、游击将军沈惟敬。明、日和谈失败以后，沈惟敬的处境变得非常尴尬，明朝朝廷已经对他失去了信任。由于沈惟敬频繁出入倭营，长期和日本人打交道，又掌握着明朝的一举一动，新任兵部尚书邢玠担心他会投奔日本人，泄露明军的军事情报，便授意杨元将其拘捕。杨元到了南原以后，便遵照邢玠的命令，设计诱捕了待在朝鲜庆尚道的沈惟敬。兔死狗烹，沈惟敬已经失去了利用价值，政治生涯就此结束。