日军席卷全罗、忠清二道
陈愚衷弃城逃走以后，小西行长于八月十九日率军进入全罗道首府全州，日军在城内纵火，并填平了城壕。翌日，以宇喜多秀家为首的日军左军全部进入全州。同一天，日军右军先锋加藤清正自全罗道的云峰出发，向西北方向的长水进军。而朝鲜长水县监在加藤清正杀来之前，就已经吓得“往他道避乱”了。加藤清正进军途中经过南原东村，停下来驻扎于岩铁川等处，并在于差山大肆搜山杀掠，杀死了无数躲避在山中避难的朝鲜人。（《乱中杂录》）
八月二十一日，加藤清正从长水出发，向西北方向进军，侵入镇安。朝鲜镇安县监吴长在日军杀来之前，同样已经“往他道避乱”，没做任何抵抗，因此镇安毫无悬念地陷落了。之后，加藤清正向全州进军。加藤军进兵途中经过村落、山谷时，到处放火、杀掠。到达全州以后，加藤清正驻扎在良正浦，与日军左军会合。日军左军在全州开设市场，炫耀在南原之战中从明军那里夺取的战利品。（《乱中杂录》）
八月二十五日，以毛利秀元为首的日军右军全部抵达全州，与以宇喜多秀家为首的日军左军会合。两军在全州召开军事会议，商讨下一步的走向。从《锅岛家文书·高丽阵诸将郡割并阵立书案》的记载来看，日军左、右两军计划兵分三路，继续向北推进，向全罗道北部地区和忠清道进兵，具体安排如下：
又根据《朝鲜日日记》《大河内秀元朝鲜记》《毛利家记》《宣祖昭敬大王实录》记载，日军在军议上提出要杀光庆尚道、全罗道的朝鲜人，并乘胜进攻，分兵攻破朝鲜都城王京。但据《吉川家史臣略记》记载，全州军议上也有另外一种反对的声音：考虑到朝鲜寒冷的冬季令日军难以忍受，有人建议日军全部撤退至朝鲜沿海的釜山浦。于是在全州军议上，出现了两种完全相反的意见。
事实上，有关全州军议的详情，朝鲜史料《乱中杂录》《宣庙中兴志》中还有另一种记叙。两书记载，日军在全州军议上讨论道：“壬辰之役，朝鲜能由水路通湖南（全罗道）、湖西（庆尚道），以及西路（全罗道、忠清道沿海），所以即便朝鲜残破千里，也能够支撑下去。如今之计，不如分兵水、陆，阻断朝鲜的援路，使朝鲜首尾皆溃。”讨论之后，会议最终决定将日军分为水、陆两路，其中加藤清正直捣王京，宇喜多秀家、小西行长、岛津义弘则南撤，屯兵朝鲜沿海。
日军在全州举行军议期间，仍未停止军事行动。日军左军的藤堂高虎经全州北上，一路杀害朝鲜人，割取鼻子382个，交给军监太田一吉、竹中重利、毛利高政检验。（《高山公实录》）之所以割取鼻子，而不是首级，是因为在南原之战前后，日军接到丰臣秀吉的命令，以后一律割鼻不割首。丰臣秀吉之所以如此下令，原因意味深长。以斩获的敌人首级数目来计算战功，是日本的惯例，因此刚开始攻打朝鲜的时候，兵将们把敌人的首级用盐水浸泡，运回名护屋大本营，丰臣秀吉检验过后发给诸将感谢状和赏赐。但由于战场不在本国，运送首级就成为一项艰巨的任务，于是改为军监在战场上检验，然后把数据记录成册送回大本营。秀吉看到文书后认为他们夸大了战果，于是让他们把敌人的鼻子送回来确认实际的数目。
同在左军编制的长宗我部元亲进兵至全州西南方向的古阜，古阜百姓望风逃走，不剩一人。据《宣祖昭敬大王实录》记载，长宗我部元亲袭来之前，朝鲜古阜郡守李廷立“避寓境内”；长宗我部元亲袭来之后，李廷立又“避乱岛中”，始终不敢多做抵抗，以致日军一路势如破竹。之后，长宗我部元亲从古阜长驱直下，兵抵罗州。罗州的朝鲜百姓一些逃走了，一些留了下来，长宗我部元亲对留下来的这些人展开了大屠杀，共割取6006个鼻子。（《元亲记》）
日军右军的吉川广家进击全罗道西南侧，一路上大造杀戮，前后两次割取朝鲜人的鼻子，一次480个，一次792个。（《吉川家文书》）同为右军的锅岛直茂于八月二十四日发兵攻向全罗道西面的金沟、金堤，沿途大肆残害朝鲜人，共割取鼻子1551个。（《锅岛直茂谱考补》《普闻集》《锅岛家文书》）据《宣祖昭敬大王实录》记载，锅岛直茂杀向金沟时，朝鲜金沟县监韩守性前往“他道避乱”，直接出逃了。当锅岛直茂杀向金堤时，金堤郡守高凤祥同样“遇贼奔避”，完全不敢多做抵抗。
有一处需要辨析的是，锅岛家的史料《锅岛直茂谱考补》《普闻集》提到，锅岛直茂、加藤清正一直打到了忠清道海美郡的伽耶山城。日本学者北岛万次据此认为，锅岛直茂、加藤清正在攻打伽耶山城以后，对是否进兵王京产生了争执，军监熊谷直盛为此介入调解，锅岛直茂因与加藤清正意见不合，脱离右军，被编入左军宇喜多秀家的队伍。不过，笔者认为伽耶山城之战应该并不存在，因为这个地方位置很偏，距离日军阵地很远，锅岛直茂、加藤清正当时不可能打到忠清道海美郡这么远的地方。
根据《锅岛家文书·高丽阵诸将郡割并阵立书案》的记载，在全州军议期间，日军左军各部队在全罗道的进兵地点分别是：
将领 进兵地点 岛津义弘 万顷、扶安 锅岛直茂 金沟、金堤 毛利吉成 兴德 长宗我部元亲 古阜 池田秀氏、中川秀成 泰仁 吉川广家 茂长、灵光 蜂须贺家政、生驹一正 井邑、高敞 宇喜多秀家 长城、潭阳 小西行长 浮吕、玉果、谷城 船手众 咸平、务安其中，锅岛直茂的进兵地点金沟、金堤，与《锅岛直茂谱考补》的记载吻合。长宗我部元亲的进兵地点也与《元亲记》的记载吻合。但目前来看，也只有这两个记载能够与《锅岛家文书·高丽阵诸将郡割并阵立书案》的记载可以对应起来，其他各部队的实际进兵地点是否与之相同，就不得而知了。
全州军议结束以后，据朝鲜史料《乱中杂录》记载，日军左军的宇喜多秀家、小西行长等人于八月二十九日从全州南撤，经任实、南原，布阵于原川院坪，沿途大搜山谷，杀死、掳掠许多朝鲜人。九月一日，小西行长等人经求礼南下，进至顺天，在倭桥（顺天倭城）结阵，分兵把守光阳城。宇喜多秀家则经全罗道的蟾津江，进入庆尚道的闲山岛屯守。
不过，日本史料《面高连长坊高丽日记》的记载却推翻了《乱中杂录》的说法。在此书的记述中，小西行长与岛津义弘于八月末从全州北上，侵入全罗道的益山、龙安，之后继续北上，侵入忠清道。九月二日，他们侵入石城，九月三日侵入扶余，之后渡过锦江南下，侵入忠清道边境的林川、韩山，九月八日侵入韩山西面的舒川。停留两天后，这伙人放火烧掉了舒川城，之后继续向南，撤兵回到全罗道，途中经过咸悦、益山、金沟、泰仁，于九月十六日驻兵井邑。朝鲜官方史料《宣祖昭敬大王实录》也记载，日军于九月二日入侵忠清道的怀德、林川、韩山等地，到处放火、抢掠，朝鲜忠清道巡按御史李时发的军队溃不成军，超过一半人逃散，朝鲜水原府使兼仁川府使李时彦的军队也闻变逃走。林川、韩山，正是《面高连长坊高丽日记》提到的岛津义弘、小西行长入侵的地方。
由此推论，《乱中杂录》的记载并不准确。在其记述中，全州军议结束后，小西行长于八月二十九日开始南撤，九月一日便撤到了全罗道东南的顺天。事实上，小西行长于九月初和岛津义弘一同北上入侵忠清道，直到九月十六日才撤兵回到全罗道的井邑。可见，《乱中杂录》对小西行长的进兵路线记载并不正确，完全是南辕北辙。同样，岛津义弘也没有如同《乱中杂录》《宣庙中兴志》所说的那样，在全州军议结束后立即南撤，而是同样选择了北进。
另据《宣祖昭敬大王实录》记载，小西行长、岛津义弘从全州北上入侵益山时，朝鲜益山郡守李光吉“弃官……向锦山，中路遇贼，避奔他道”，完全不敢多做对抗。小西行长、岛津义弘入侵龙安时，朝鲜龙安县监丁至也“避寓境内，贼势犯境，不知去处”，同样灰溜溜地逃走了。
同一时间北上入侵忠清道的日军左军将领，还有藤堂高虎。据《高山公实录》记载，藤堂高虎北上忠清道，打下了几座城池，之后南下撤军到庆尚道的安骨浦，并在安骨浦筑城。
在日军左军进兵忠清道的同一时间，日军右军也分成两路向忠清道进军。第一路的主将是毛利秀元、黑田长政，第二路的主将是加藤清正、太田一吉。吉川广家、锅岛直茂留在了全罗道，没有跟右军大部队继续北上。
毛利秀元、黑田长政于九月一日进兵全罗道的砺山、忠清道的恩津，与朝鲜忠清道防御使朴名贤交战，将其打败。砺山郡守李馪不敢抵抗，吓得“弃官避寓”（《宣祖昭敬大王实录》）。此战过后，毛利秀元、黑田长政进兵忠清道的公州。在前往公州的路上，日军一路逞凶，庆念在《朝鲜日日记》中记录道：“在前往公州的道路上，杀害沿途和山野的男女老少，惨景不堪入目。途中遇死人，五体皆不全。”
屯兵在公州的明军游击陈愚衷、牛伯英，得知日军大举北上之后，撤到了朝鲜都城王京，于是公州也被毛利、黑田军占领。（《日本战史·朝鲜役》）之后，毛利秀元、黑田长政又发兵忠清道的全义，此地距离朝鲜都城王京只有82.5公里的路程。收到日军入侵的消息后，全义城中的朝鲜百姓惊慌失措，逃散一空。（《两朝平攘录》）占领全义之后，毛利秀元、黑田长政又北上占领了天安。黑田长政在天安周围大肆杀戮，割取了3000多个鼻子。（《黑田家文书》）
九月六日，毛利秀元将麾下桂三郎兵卫的兵力抽调出来，分遣给留守在全罗道的吉川广家。兵力得到补充的吉川广家侵入全罗道的珍原、灵光，在两地大肆屠戮，先后四次割取鼻子——358个、641个、437个、1245个。（《萩藩阀阅录》）据《宣祖昭敬大王实录》记载，吉川广家入侵灵光前，朝鲜灵光郡守田浃“避寓境内”；吉川广家入侵灵光后，田浃又“避乱岛中”，始终缩头缩尾，不敢抵抗。朝鲜珍原县监沈惀同样弃官逃走。
另一路的加藤清正、太田一吉于九月一日从全罗道全州出发，九月二日入侵全罗道锦山。锦山郡守洪昌世“往他道避乱”，完全不做抵抗就逃走了。九月四日，加藤清正、太田一吉入侵锦山北面的珍山，但在此遭到了朝鲜军的伏击，包括加藤清正的足轻大将山内治卫尉、伊地治次郎兵卫尉在内，日军有28名部将、士兵战死。但加藤、太田军发起反击，加藤军杀死朝鲜士兵51人，太田军杀死18人。《宣祖昭敬大王实录》记录下了珍山郡守申泽反击加藤清正、太田一吉，但最后战死的场景：“珍山郡守申泽，始终在官，奋力讨贼，军散力屈，隐伏林薮，为贼所害，妻子俱被虏。”珍山之战结束后，加藤清正、太田一吉于九月六日进军忠清道的全义，次日又进军全义北方的清州，并在此安营扎寨。（《大河内秀元朝鲜记》）
八月、九月，日军左、右两军入侵全罗道期间，朝鲜全罗道各郡县官员除了极少数人奋起反抗外，绝大多数人未做任何抵抗便望风逃走。整个全罗道遭到了日军的残酷屠杀，可以说这一结果与全罗道地方官员的不作为有很大关系。正如朝鲜司宪府的报告所指出的那样：“南原败没之后，两湖人民望风溃散，列邑守令在在逃窜，直路数百里之地尽为无人之境。”亦如朝鲜备边司所说：“南原、全州陷败之后，贼兵未至，而守令亲自奔窜。土崩瓦解之势，不可收拾。”（《宣祖昭敬大王实录》）